ASOCIACIJSKA ANALIZA ZA POTRDITEV KANDIDATNIH DNA POLIMORFIZMOV NA KROMOSOMU 2 IN 22 PREDHODNO POVEZANIH S SLOVENSKIMI BOLNIKI S CROHNOVO BOLEZNIJO Z UPORABO MIKROMREŽE ICHIPFriedl, Evelina (Avtor) Potočnik, Uroš (Mentor) Skok, Pavel (Komentor) Analiza kromosomov pri slovenskih bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo.Povzetek Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je kompleksna bolezen. Znana sta dva glavna podtipa in sicer, Crohnova bolezen (CB) ter ulcerozni kolitis (UK). Zakaj bolezen nastane, ni popolnoma jasno, so pa študije pokazale, da k razvoju bolezni prispevajo okoljski in genetski dejavniki. Veliko število polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) je vpleteno v mehanizem bolezni. Predhodno je bila s pomočjo mikromreže (»Immunochip«) izvedena genska tipizacija za približno 200 000 polimorfizmov pri 250 slovenskih bolnikih s KVČB ter prav tako 250 kontrol zdravih posameznikih. Rezultat asociacijske analize je na kromosomu 2 prikazal 11 neodvisno razporejenih lokusov na katerih je 332 SNP-jev s p vrednostjo p<0,05 ter na kromosomu 22, kjer je prav tako 5 neodvisno razporejenih lokusov ter 101 SNP-ja jev s p vrednostjo p<0,05. Ker lahko pri multiplem testiranju pride do pozitivno lažnih rezultatov, smo v raziskavi za potrditev kandidatnih polimorfizmov izvedli potrditveno asociacijsko analizo na dodatnih bolnikih ter zdravih kontrolah. Namen diplomskega dela je bil ugotoviti ali so izbrani polimorfizmi na kromosomu 2 in 22 povezani s slovensko populacijo bolnikov s KVČB. Tako smo v raziskavi izbrali 4 SNP-je, tri na kromosomu 2 in 1 na kromosomu 22 ter izvedli genotipizacijo z metodo HRM na 482 vzorcih bolnih in 350 vzorcih zdravih kontrolah posameznikov. V nalogi smo potrdili povezavo med vsemi analiziranimi SNP-ji. V primeru alela C (p=0,001; OR= 1,578; CI(95%) = 1,200-2,076) za SNP rs6733174 smo odkrili, da veča tveganje za razvoj KVČB (p=0,001; OR= 1,578; CI(95%) = 1,200-2,076). SNP rs137618 ima povečano tveganje za razvoj bolezni v primeru alela C (p= 0,007; OR= 0,678; CI(95%)= 0,512-0,898) ter smo tudi odkrili, da homozigoti tega istega SNP-ja z genotipom C/C (p= 0,00159; OR= 2,070; CI(95%) = 1,313-3,262), povečujejo tveganje za KVČB (p= 0,00159; OR= 2,070; CI(95%) = 1,313-3,262). Do enakega zaključka smo prišli pri pregledu rezultatov za SNP rs7600901. V primeru alela G (p= 0,000347; OR= 1,778; CI(95%) = 1,778-2,441), le-ta nosi povišano tveganje za razvoj bolezni (p= 0,000347; OR= 1,778; CI(95%) = 1,778-2,441). Zanimivo pa je to, da smo tudi za SNP rs7590126 (gen PAPOLG), našli signifikantne povezave s KVČB v primeru alela C (p=0,026; OR= 1,476; CI(95%) = 1,051-2,073) . Tako smo potrdili statistično najbolj signifikantno povezavo ravno pri bolnikih s CB. KVČB še tako vedno ostaja dokaj »neprepoznavna« bolezen, saj splošni zdravniki zelo pozno ali pa sploh ne prepoznajo osnovnih simptomov. Zato je smiselno področje genetike KVČB raziskovati še naprej, kajti z novo odkritimi polimorfizmi SNP, povezanimi z boleznijo, pripomoremo k hitrejšemu odkrivanju bolezni, razvoju novih zdravil, natančnejšemu napovedovanju poteka bolezni ter uspešnejšemu zdravljenju, hkrati pa lahko preprečimo marsikatere težave, ki bi nastale pri zdravljenju bolezni. [E. Friedl]20142014-06-05 09:25:50Diplomsko delo44552sl