Inhibicija samo-replikacije proteinskih fibrilovCurk, Samo (Avtor) Gosak, Marko (Mentor) Šarić, Anđela (Komentor) agregacija amiloidovsamo-sestavljanje proteinovinhibicijara\v cunalni\v ske simulacijemetoda Monte Carlonukleacijski mehanizemgne\v cenje makromolekulkrajina proste energijestatisti\v cna mehanikamehka snovfizikalna kemijaProteinski fibrili nastanejo z agregacijo delno zvitih proteinov in so odgovorni ali pomembno vplivajo na mnogo hudih človeških bolezni, kot sta Alzeimerjeva ali diabetes tipa II. Samo-replikacija fibrilov je proces, v katerem obstoječi proteinski fibrili katalizirajo nastanek novih fibrilov na način, da ponudijo vezavno površino, kjer se proteini lažje srečajo in agregirajo. To prispeva k naglem in eksponentnem napredovanju bolezni. V magistrski nalogi predstavimo Monte Carlo simulacije računalniškega modela agregacije, v katerega vpeljemo inhibitorje. To so delci, ki se lahko vežejo na površino fibrilov in tako inhibirajo oziroma upočasnijo proces samo-replikacije. Takšen način inhibicije se izkaže za zelo učinkovit, ampak zaradi odbojne interakcije med delci naletimo tudi na pojav makromolekularnega gnečenja, ki povzroči, da se pri določeni pokritosti površine s proteini hitrost samo-replikacije poveča. Edinstven deskriptor hitrosti replikacije najdemo v povprečni velikosti skupka na površino vezanih proteinov, ki nosi informacijo o celotni porazdelitvi agregacijskih skupkov. Predstavimo teorije, ki uspešno razložijo vse značilnosti opažanega obnašanja. S pomočjo mrežnega modela napovemo, katere interakcije med delci na površini imajo največji inhibicijski potencial.[S. Curk]20182018-09-20 14:17:13Magistrsko delo/naloga72364sl