Signalna pot nuklearnega transkripcijskega faktorja kappa BŽnidarić, Mateja (Avtor) Fajmut, Aleš (Mentor) nuklearni faktor NF-κBsignalne potiizražanje genovmatematični modelvnetje.V magistrskem delu najprej predstavimo zgradbo in delovanje nuklearnega transkripcijskega faktorja kappa B (NF-κB), ki je izražen v skoraj vseh vrstah celic. Le-ta je ob odsotnosti specifičnih stimulov latenten in se v citoplazmi nahaja v kompleksu z inhibitorjem NF-κB (IκB). Aktivira se šele pod vplivom vezave različnih stimulov na receptorje na celici, nakar začne prehajati v jedro celice, kjer se veže na DNA. To vodi do povečanega izražanja specifičnih genov. V normalnem fiziološkem stanju NF-κB inducira gene, ki imajo pomembno vlogo v procesih vnetja in tiste, ki so pomembni pri razvoju in normalnem delovanju številnih tkiv, kot so kosti, koža, mlečne žleze in centralni živčni sistem. Nepravilno delovanje signalne poti NF-κB pa lahko vodi v vnetne in avtoimune bolezni, nastanek in širjenje raka ter v rezistenco rakavih celic na kemoterapevtike. V nalogi opišemo dve najbolj znani signalni poti, preko katerih se aktivira NF-κB – klasično (kanonično) signalno pot, ki je odgovorna za kontrolo prirojene imunosti in vnetja, ter alternativno (nekanonično) signalno pot, ki ima ključno vlogo pri kontroli razvoja, organizacije in funkcije sekundarnih limfatičnih organov ter v promociji zorenja in preživetja limfocitov B. Nadalje obravnavamo matematični model, ki omogoča podrobno analizo kinetike pomembnih molekul v kanonični signalni poti: kinaz IκB (IKK), NF-κB, proteinov A20, IκBα, njihovih kompleksov in transkriptov. Ugotovimo, da se ta model v veliki meri sklada z izmerjenimi vrednostmi in z rezultati drugih modelov ter, da ob različnih pogojih in vrednostih parametrov lahko reproducira različno dinamiko sistema – oscilirajočo ali dvofazno. Identificiramo tiste parametre in njihove vrednosti, ki posledično pomembno vplivajo na časovno dinamiko izražanja genov.[M. Žnidarić]20202019-12-17 10:50:56Magistrsko delo/naloga75613sl