<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"><rdf:Description rdf:about="https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?id=77539"><dc:title>Detekcija ohranjenih vod na medproteinskih površinah</dc:title><dc:creator>Masten,	Ines	(Avtor)
	</dc:creator><dc:creator>Bren,	Urban	(Mentor)
	</dc:creator><dc:creator>Jukič,	Marko	(Komentor)
	</dc:creator><dc:subject>ohranjene vode</dc:subject><dc:subject>medproteinska površina</dc:subject><dc:subject>vodikova vez</dc:subject><dc:subject>hidrofobni učinek</dc:subject><dc:subject>ProBiS H2O</dc:subject><dc:description>Študij ohranjenih vod je v sodobni farmacevtski kemiji ključnega pomena. Ne samo da ima voda pomembno vlogo v vseh bioloških procesih, temveč molekule vode ključno prispevajo pri interakcijah med proteini. Kristalne strukture kompleksov, pridobljene z visoko ločljivostjo iz različnih vendar homolognih proteinov, so pokazale, da so nekatere vode na medproteinski površini ohranjene med dvema homolognima kompleksoma. Ohranjene vode nastopajo pri tvorjenju vodikovih vezi, imajo strukturno vlogo pri makromolekulah, kjer tvorijo kompleksne mreže molekul, ki stabilizirajo njihovo strukturo. V diplomski nalogi smo s pomočjo računalniškega programa PyMOL identificirali medproteinsko površino sistema programirane celične smrt hPD-1 in njenega liganda hPD-L1 ter sistema beta rastnega faktorja Tgf-β3 in receptorja Tgf-β tipa II. Na tej medproteinski površini smo nato z orodjem ProBis H2O identificirali ohranjene molekule vode. Za vsako molekulo vode smo analizirali njene interakcije z aminokislinskimi ostanki in z ostalo medproteinsko površino. Ugotovili smo, da nekatere od teh ohranjenih molekul vod igrajo pomembno vlogo pri interakcijah med proteini ter so ključnega pomena za nujno komplementarnost. Poleg tega smo izračunali tudi energijo medproteinske interakcije in analizirali, kako vode vplivajo  na celotno površino in vezavo med proteinoma. Rezultati analize nam lahko pomagajo pri predvidevanju interakcij med proteini, karakterizaciji vezavnih mest ter optimizaciji in razvoju zdravil</dc:description><dc:publisher>[I. Masten]</dc:publisher><dc:date>2020</dc:date><dc:date>2020-09-02 21:47:02</dc:date><dc:type>Diplomsko delo/naloga</dc:type><dc:identifier>77539</dc:identifier><dc:language>sl</dc:language></rdf:Description></rdf:RDF>