COVID.si - Skupnostna znanost za boj proti korona virusuPodlipnik, Črtomir (Avtor) Jukič, Marko (Avtor) Nikitina, Natalia (Avtor) Pleško, Sebastian (Avtor) Gilardoni, Lorenzo (Avtor) Tomšič, Gašper (Avtor) Pevec, Žan (Avtor) Laba, Boštjan (Avtor) COVID-19virus CoV SARS-2ligandiproteinivirusna biokemijaračunalniško podprto načrtovanje molekulmolekulsko sidranjeporazdeljeno računanjeProjekt “SKUPNOSTNA ZNANOST IN BOJ PROTI KORONA VIRUSU” je odprt projekt skupnosti dobromislečih raziskovalcev in prostovoljcev, ki želijo s svojim delom, znanjem in izkušnjami, prispevati kamenček v mozaiku poznavanja novega korona virusa in bolezni COVID-19, ki jo ta virus povzroča. Skupino vodita strokovnjaka dr. Črtomir Podlipnik in dr. Marko Jukić, z dolgoletnimi izkušnjami s področja računalniško podprtega načrtovanja molekul, farmacevtske kemije in kemo/bioinformatike. S somišljeniki ter prostovoljci so v zelo kratkem času razvili lastno tehnologijo, ki omogoča porazdeljeno računanje molekulskega sidranja. Tehnologija je osnovana na programčku, ki omogoča povezavo uporabnikovega računalnika s strežnikom, ki porazdeli del knjižnice molekul pripravljenih za molekulsko sidranje (trenutno 10 000 000 spojin). Po končanem sidranju (s programom RxDock), programček pošlje izračunane podatke nazaj na zbirno mesto na strežniku. Po analizi sidranih spojin je končni rezultat seznam molekul s potencialno vezavo na terapevtsko tarčo (v našem primeru so to virusni proteini). Nato lahko preverimo ali so te spojine dobavljive in organiziramo biološko testiranje v sodelovanju z ostalimi raziskovalnimi skupinami. Podatke o nedobavljivih spojinah lahko v nasprotnem primeru posredujemo raziskovalnim skupinam za izvedbo sinteze. V optimalnem scenariju bi lahko identificirali spojine zanimive za farmacevtsko industrijo. Rešitev, ki temelji na porazdeljenem računanju je osnovana na odprtokodnih rešitvah.s. n.20202020-11-22 12:03:43Strokovno delo78236sl