Iskanje mesta začetka podvajanja ter vezavnih mest proteina dnaa pri izbranih probiotičnih bakterijah z uporabo algoritmovAnžel, Larisa (Avtor) Mongus, Domen (Mentor) Fijan, Sabina (Komentor) probiotične bakterijemesto začetka replikacijeGC odkonnajpogostejši motiviUvod: Človeško telo je naseljeno s številnimi bakterijami, arhejami, virusi in enoceličnimi evkariotskimi organizmi, ki na različne načine vplivajo na naše zdravje. Probiotične bakterije so tiste, ki v zadostnih količinah pozitivno vplivajo na zdravje gostitelja. Slednje se morajo razmnoževati, da so pozitivni učinki vidni. Bakterije se razmnožujejo s procesom podvajanja, pri čemer je v začetnih fazah vključeno podvajanje DNK. Metode: S pomočjo grafa odklona števila gvaninov in citozinov (GC), ki ga pridobimo iz DNK zaporedja, smo ocenili položaj mesta začetka podvajanja za vsak izbran bakterijski sev. V okolici mesta začetka podvajanja se nahajajo posebna zaporedja, na katera se vežejo DnaA proteini. Z iskanjem najpogostejših motivov v okolici nukleotida z najnižjo vrednostjo na grafu GC smo pridobili možno sekvenco vezavnih mest DnaA, kar omogoča vpogled v sekvenco, ki igra pomembno vlogo pri podvajanju bakterijske DNK. Rezultati: Konsenzna sekvenca vseh izbranih bakterijskih sevov je 5'-TTATCCACA-3', kar sovpada s podatki iz literature, kjer je sekvenca DnaA škatle opredeljena kot 5’-TT(A/T)TNCACA-3'. Razprava in sklep: Izbrane metode se lahko uporablja za določevanje približnega mesta začetka replikacije, vendar so za dokazovanje le-tega potrebni še dodatni laboratorijski poizkusi.[L. Anžel]20212021-08-23 22:56:57Magistrsko delo/naloga79942sl