Uporaba modernih računalniških pristopov za iskanje novih protivirusnih zdravilAvdičević, Adela (Avtor) Bren, Urban (Mentor) proteaza HIV-1AIDSrozmanolvirtualno rešetanjemolekulsko sidranjemolekulska dinamikaV magistrski nalogi smo uporabili sodobne računalniške pristope z namenom odkrivanja novih potencialnih zdravil proti virusu HIV-1, ki povzroča AIDS. Proteaza HIV-1, encim, ki je ključnega pomena za razmnoževanje virusa, predstavlja eno najpomembnejših tarč za razvoj protivirusnih zdravil. Zaradi naraščajoče odpornosti virusa na obstoječa zdravila je nujno iskanje novih in učinkovitih zaviralcev tega encima. Uporabili smo kombinacijo naprednih računalniških metod, vključno z virtualnim rešetanjem, molekulskim sidranjem in molekulsko dinamiko, da bi ocenili sposobnost rozmanola in njegovih derivatov za vezavo na proteazo HIV-1 ter njihovo potencialno učinkovitost kot zaviralcev tega encima. Za podrobnejšo analizo smo izbrali molekulo 1 (ZINC5733675), ki je med virtualnim rešetanjem pokazala največjo podobnost z rozmanolom, ter molekulo 25 (ZINC4377044), ki smo jo med molekulskim sidranjem identificirali kot najbolj obetavno, saj je dosegla najnižjo vezavno energijo in največje število interakcij med vsemi analiziranimi ligandi. Molekulsko dinamiko smo izvedli za rozmanol in oba izbrana derivata vezana na HIV-1 proteazo, da bi preučili njihov vzorec dinamične vezave, kot tudi stabilnost njihovih interakcij z aktivnim mestom proteaze v dinamičnih pogojih. Ugotovili smo, da se ligandi premaknejo bližje verigi B proteaze, kar potrjujejo močnejše interakcije in stabilnost vezave s to verigo. Rezultati te magistrske naloge predstavljajo pomemben korak k razumevanju vezave ligandov naravnega izvora na katalitično mesto in zaviranja delovanja proteaze HIV-1. Naši rezultati nakazujejo, da bi rozmanol in njegovi derivati lahko predstavljali učinkovito osnovo za razvoj novih zdravil proti HIV/AIDS-u. Kljub obetavnim računalniškim napovedim pa je za nadaljnji razvoj teh spojin kot zdravil potrebna dodatna eksperimentalna validacija.[A. Avdičević]20242024-08-27 22:09:30Magistrsko delo/naloga90275sl