<?xml version="1.0"?>
<rdf:RDF xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/"><rdf:Description rdf:about="https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?id=97722"><dc:title>Preučevanje mehanizma inhibicije rožmarinske kisline na glavni proteazi sars-cov-2 z dinamičnimi simulacijami</dc:title><dc:creator>Žižek,	Amanda	(Avtor)
	</dc:creator><dc:creator>Bren,	Urban	(Mentor)
	</dc:creator><dc:creator>Lešnik,	Samo	(Komentor)
	</dc:creator><dc:subject>SARS-CoV-2</dc:subject><dc:subject>Mpro</dc:subject><dc:subject>rožmarinska kislina</dc:subject><dc:subject>molekulska dinamika</dc:subject><dc:subject>računalniške simulacije</dc:subject><dc:description>SARS-CoV-2 je virus z visoko stopnjo mutacij in izrazito nalezljivostjo, kar predstavlja velik izziv za razvoj učinkovitih protivirusnih terapij. Ena ključnih tarč za zdravljenje bolezni COVID-19 je glavna proteaza (Mpro), ki ima bistveno vlogo pri proteolitski cepitvi virusnih poliproteinov in s tem omogoča replikacijo virusa. Zaviranje delovanja tega encima predstavlja obetaven pristop k preprečevanju razmnoževanja virusa. Naravni produkti, zlasti polifenolne spojine, so zaradi nizke toksičnosti in raznolikega biološkega delovanja zanimiv vir novih protivirusnih učinkovin. Ena izmed takšnih spojin je rožmarinska kislina, naravna fenolna kislina, prisotna v rastlinah družin Boraginaceae in Lamiaceae, ki izkazuje antioksidativno, protivnetno in protivirusno delovanje.
Cilj magistrskega dela je bil preučiti mehanizem inhibicije rožmarinske kisline na glavni proteazi SARS-CoV-2 z uporabo simulacij molekulske dinamike. V okviru dela je bila uporabljena kristalna struktura kompleksa Mpro z rožmarinsko kislino iz baze Protein Data Bank (8YRH). Priprava simulacijskega sistema je potekala v programu CHARMM-GUI, molekulska dinamika je bila izvedena s programom NAMD, analiza rezultatov pa z orodjema Chimera in Cytoscape.
Simulacija v dolžini 100 ns je omogočila vpogled v stabilnost kompleksa ter dinamiko vezave liganda v aktivnem mestu encima. Analiza parametrov stabilnosti je pokazala, da prisotnost rožmarinske kisline poveča strukturno stabilnost proteaze, analiza vodikovih vezi pa je razkrila pomembne interakcije z aminokislinskimi ostanki aktivnega mesta. Pridobljeni rezultati potrjujejo potencial rožmarinske kisline kot naravnega inhibitorja Mpro in predstavljajo osnovo za nadaljnje racionalno načrtovanje izboljšanih protivirusnih učinkovin.</dc:description><dc:publisher>[A. Žižek]</dc:publisher><dc:date>2026</dc:date><dc:date>2026-04-07 20:52:56</dc:date><dc:type>Magistrsko delo/naloga</dc:type><dc:identifier>97722</dc:identifier><dc:language>sl</dc:language></rdf:Description></rdf:RDF>