Preučevanje polifenolov iz timijana kot modulatorjev receptorja PPARγ s pomočjo molekulskega sidranja in simulacij molekulske dinamikePantner, Ana Lee (Avtor) Bren, Urban (Mentor) Furlan, Veronika (Komentor) PPARγpolifenoliluteolintimijanmolekulsko sidranjemolekulska dinamikaDiplomsko delo obravnava luteolin, polifenol iz timijana (Thymus vulgaris), kot potencialni modulator jedrnega receptorja PPARγ . Receptor PPARγ ima ključno vlogo pri uravnavanju presnove glukoze in lipidov, zato predstavlja pomembno tarčo pri zdravljenju sladkorne bolezni tipa 2. Sintetični agonisti PPARγ sicer učinkovito povečajo občutljivost na inzulin, vendar so povezani z resnimi stranskimi učinki, med katerimi so povečanje telesne mase, edemi in srčno-žilni zapleti. Naravni polifenoli kot selektivni modulatorji PPARγ tako predstavljajo bolj varno alternativo. V diplomskem delu smo za preučevanje vezave luteolina na ligand-vezavno domeno PPARγ uporabili sodobne računalniške metode, ki vključujejo molekulsko sidranje, simulacije molekulske dinamike in metodo linearne interakcijske energije (LIE). Molekulsko sidranje smo izvedli s programom CmDock, simulacije molekulske dinamike dolžine 200 ns pa z programom NAMD na superračunalniku HPC Vega. Trajektorije smo analizirali s programoma VMD in PyMol, vezavno prosto energijo pa smo izračunali z metodo LIE z empiričnima parametroma α = 0,18 in β = 0,33. Rezultati kažejo, da se luteolin verjetno veže na receptor PPARγ. Ugotovili smo, da je kompleks luteolin-PPARγ med simulacijo molekulske dinamike stabilen ter da luteolin tvori ključne medmolekulske interakcije z aminokislinskimi preostanki na vezavnem mestu receptorja. Na podlagi negativne vrednosti vezavne proste energije sklepamo, da bi luteolin lahko deloval kot selektivni modulator PPARγ.20262026-08-21 19:02:47Diplomsko delo/naloga99645sl