Iskanje vezavnih mest in rangiranje genov na podlagi CLIP in RNAseq podatkovHaberman, Nejc (Avtor) Štiglic, Gregor (Mentor) Ule, Jernej (Komentor) normalizacijavezavni proteini na RNKCLIPiCLIPRNA-seqLIN28Abioinformatska orodjagenska obogatitevProteini, ki se vežejo na RNK (ang. RNA-binding proteins), imajo pomembno vlogo pri regulaciji posttrankripcijskih procesov in so ključni regulatorji genske ekspresije. Za preučevanje vezavnih proteinov na RNK v živih celicah sta najprimernejši metodi CLIP (UV cross-linking and immunoprecipitation) in iCLIP (individual-nucleotide resolution CLIP). RNA-seq je postala standardizirana metoda za merjenje genske ekspresije celotnega transkriptoma. V naši raziskavi smo preučevali najprimernejšo normalizacijo CLIP-podatkov z RNA-seq podatki. Glavni problem je, da posamezna CLIP/iCLIP-metoda določi več vezavnih mest v visoko izraženih delih molekule RNK, ki posledično prekrijejo nizko izražena vezavna mesta. Zato je potreba po RNA-seq podatkih, da lahko z njimi normaliziramo vezavna mesta CLIP/iCLIP- podatkov. V ta namen smo načrtovali in implementirali različne metode normalizacij CLIP- in RNA-seq podatkov in jih primerjali z do sedaj znanimi rezultati za protein LIN28A. V našo raziskavo smo vključili programsko orodje Piranha, ki že uporablja metodo normalizacije z regresijskim modelom ZTNBR (zero-truncated negative binomial distributions regression), ki pa se ni izkazala za primerno rešitev našega problema. Izdelali smo hibridno metodo, ki izboljša objavljeno metodo, ki uporablja preprosto normalizacijo vsote RNA-seq odčitkov pri proteinu LIN28A. Hibridna metoda uporablja statistični model ZTNB (zero-truncated negative binomial distributions) za identifikacijo signifikantnih vezavnih mest in je del programskega orodja Piranha. Za vse opisane metode normalizacij smo razvili cevovod programskih skript in bioinformatskih orodij za primerjalno analizo metod. Prav tako smo razvili programski cevovod za preprocesiranje iCLIP-podatkov, ki jih lahko uporabimo v omenjenih normalizacijah. Vse metode bodo prosto dostopne na spletu in se bodo lahko uporabljale v prihodnjih raziskavah za analizo vezavnih proteinov na RNK s CLIP/iCLIP- in ostalimi sorodnimi metodami sekveniranja. [N. Haberman]20132013-06-11 22:37:43Magistrsko delo/naloga40731UDK: 577COBISS_ID: 1916836NUK URN: URN:SI:UM:DK:VTLNPYNQsl