IZOLACIJA BAKTERIJ IZ RODU Clostridium IZ VZORCEV PRSTIRikanovič, Tanja (Avtor) Rupnik, Maja (Mentor) klostridijiprstClostridium difficileidentifikacijatoksinotipizacijaPCR ribotipizacijaraznolikost vrstKlostridiji so paličaste, obligatno anaerobne, po Gramu pozitivne bakterije, ki tvorijo izjemno odporne spore. Zaradi slednjega so klostridiji ubikvitarni, saj jih lahko najdemo v okoljih kot so prst, okoljske vode, prisotni pa so tudi v človeškem in živalskem prebavilu. Ena izmed pomembnih vrst tega rodu je bakterija Clostridium difficile, ki je trenutno v svetu eden izmed pomembnejših povzročiteljev bolnišničnih okužb. V zadnjem času pa narašča tudi število izvenbolnišničnih okužb. Bolezen povzročajo le toksigeni sevi, ki izdelujejo toksin A in/ali toksin B, ki sta glavna dejavnika virulence C. difficile. V diplomskem delu smo iz 6 različnih vrst/tipov prsti osamili več klostridijskih vrst, tudi C. difficile. Izolate smo identificirali s komercialnim sistemom MALDI Biotyper (Bruker Daltonics), ki je komercialna fenotipska metoda za identifikacijo in temelji na analizi proteinov s pomočjo laserske svetlobe. Izolate C. difficile smo še karakterizirali, in sicer z dvema dobro razširjenima genotipizacijskima metodama: toksinotipizacijo in PCR ribotipizacijo. Skupno smo osamili 34 klostridijskih izolatov, ki so pripadali 7 različnim vrstam. Med njimi so prevladovale vrste Clostridium glycolicum (n=11), Clostridium bifermentans (n=5) in Clostridium mayombei (n=4). C. difficile (n=10) smo zaznali le v vzorcu sedimenta reke Drave, s selektivno gojitveno metodo. Skupno deset izolatov iz tega vzorca je bilo netoksigenih in PCR ribotipa 010. Največje število in raznolikost klostridijev smo določili v vzorcu komposta. Z raziskavo v diplomskem delu smo potrdili, da lahko v različnih okoljih pričakujemo različne predstavnike rodu Clostridium, raznolikost vrst pa je odvisna od tipa okolja nabranih vzorcev. Bakterije C. difficile sicer nismo našli v različnih vzorcih prsti, pač pa v rečnem sedimentu, kjer do sedaj v Sloveniji še ni bil opisan. [T. Rikanović]20132013-10-20 16:56:22Diplomsko delo42814UDK: 579.852.13(043.2)COBISS_ID: 20168968NUK URN: URN:SI:UM:DK:UVIYBD0Rsl