Osamitev in karakterizacija bakterije clostridioides difficile iz vzorcev komposta in iztrebkov malih sesalcevTršinar, Klemen (Avtor) Janežič, Sandra (Mentor) Janžekovič, Franc (Komentor) Clostridioides difficileosamitevmali sesalcikompostEno zdravjemolekularna karakterizacijaPCR-ribotipizacijatoksinotipizacijaClostridioides difficile je Gram pozitivna, striktno anaerobna bakterija, ki tvori zelo odporne spore, in velja za eno najpomembnejših človeških črevesnih patogenih bakterij. Čeprav so najbolj raziskan rezervoar bakterije bolnišnična okolja, se v zadnjem času zaradi pogostejših okužb izven bolnišnic pojavlja več raziskav o okoljskih rezervoarjih. Spore, ki jih tvori bakterija, so odporne na različne kemične in fizikalne dejavnike ter se lahko prenašajo med različnimi okolji. Prisotne so v prsti, vodi, domačih kompostnikih, rečnih sedimentih, našli so jih na površinah v gospodinjstvih, podplatih obuval in šapah domačih živali. V okviru magistrske naloge smo preverili pogostost in raznolikost PCR-ribotipov v vzorcih komposta in iztrebkih malih sesalcev. Okrog vsakega od treh kompostnikov smo nastavili 6-8 živolovnih pasti za male sesalce. Vzporedno z ulovljenimi malimi sesalci smo vzorčili kompostnike na treh vzorčnih mestih. Skupno smo tako zbrali 9 vzorcev komposta in 16 vzorcev iztrebkov malih sesalcev. Male sesalce smo determinirali do vrste in jih izpustili nazaj v okolje. Za nadaljnjo analizo smo uporabili le njihove iztrebke. Na bakterijo C. difficile je bilo pozitivnih vseh 9 vzorcev komposta in 2 vzorca iztrebkov malih sesalcev, kar je predstavljalo 12,5 % vseh vzorcev malih sesalcev. Skupno smo osamili 103 izolata, 91 iz vzorcev komposta in 12 iz vzorcev iztrebkov malih sesalcev. Izolate smo razvrstili v 10 različnih PCR-ribotipov. Toksigen je bil samo en PCR-ribotip, in sicer 014/020, ki je pripadal toksinotipu 0. Iz iztrebkov smo osamili dva različna PCR-ribotipa. PCR-ribotip SLO 308 smo izolirali tako iz iztrebka malega sesalca kot iz vzorca komposta na isti lokaciji, kar nakazuje na možen prenos C. difficile med malimi sesalci in kompostom.[K. Tršinar]20242024-08-02 10:02:25Magistrsko delo/naloga89670UDK: 599.323.51(043.2)COBISS_ID: 208569603sl