Diferencialno izražanje genov in učinek filtriranja nizko izraženih genov pri analizi RNA sekvenciranjaFabčič, Špela (Avtor) Gorenjak, Mario (Mentor) Potočnik, Uroš (Komentor) genska ekspresijaastmaCrohnova bolezenmiomi materniceUvod: Sekvenciranje RNA (analiza RNA-seq) se sooča z izzivi obdelave podatkov in razvojem metod za učinkovito shranjevanje, pridobivanje in obdelavo velikih količin podatkov z namenom, da se zmanjša število napak določevanja nukleotidnega zaporedja med drugim tudi na način z odstranitvijo odčitkov nižje kakovosti. Metode: S pomočjo programskega orodja R smo iz treh različnih podatkovnih baz za tri različne bolezni (Crohnova bolezen, astma, miomi maternice) izvedli RNA-seq analizo v katero smo vključili filtriranje nizko izraženih z metodo CPM, kjer smo določili prag filtriranja nizko izraženih genov na podlagi statističnega izračuna minimuma, maksimuma in povprečja izražanja genov. Rezultati: V okviru naloge smo ugotovili, da različni pragi filtriranja ne spremenijo števila nabora genov v končnih rezultatih analize RNA-seq. Pri vplivu postavitve različnih pragov filtriranja na nabor prvih 20 najbolj statistično značilno diferencialno izraženih genov je bila izrazita razlika med različno zastavljenimi pragi filtriranja samo v primeru Crohnove bolezni. Pri testiranju, ali se izločeni geni pri danem pragu filtriranja pojavijo kot statistično značilno diferencialno izraženi geni v analizi brez filtriranja, smo ugotovili, da se velik delež izločenih genov, še posebej pri nižjih pragovih filtriranja, še vedno pojavi kot statistično značilen v analizi brez filtriranja. Razprava in sklep: Na podlagi rezultatov smo ugotovili, da postavitev različnih pragov filtriranja nima posebnega učinka na rezultate diferencialnega izražanja genov. [Š. Fabčič]20252025-01-16 08:39:16Magistrsko delo/naloga91573UDK: 575.1+57.088.7(043.2)COBISS_ID: 232133123sl