20.500.12556/DKUM-20172 OPTIMIZACIJA MEDATOMSKEGA POTENCIALA LENNARD-JONES S PARALELNO DIFERENCIALNO EVOLUCIJO OPTIMIZATION OF LENNARD-JONES ATOM POTENTIAL USING PARALLEL DIFFERENTIAL EVOLUTION V diplomskem delu predstavljamo optimizacijski algoritem, ki rešuje problem potenciala Lennard-Jones iz področja bioinformatike. Za računanje uporabimo tehnologijo CUDA, ki poveča hitrost računanja, saj izkorišča paralelizacijsko zmogljivost grafičnih procesnih enot. Izbrali smo evolucijski algoritem jDE, ki se je v preteklosti izkazal za zelo uspešnega. Diplomska naloga najprej obravnava sorodna dela iz področja računanja potenciala Lennard-Jones ter področja evolucijskih algoritmov na grafičnih procesnih enotah. Sledi opis potenciala Lennard-Jones in arhitekture CUDA. Na koncu je predstavljena še naša implementacija algoritma in dobljeni rezultati. Naše rezultate smo primerjali z rezultati dveh programov, ki se v celoti izvajata na centralno procesni enoti. In this diploma work we present an optimization algorithm for solving problem of Lennard-Jones energy potential, which falls into field of bioinformatics. We use CUDA architecture to increase computational speed, because it allows us to exploit the parallel capabilities of graphics processing unit. For optimization we have chosen the jDE evolutionary algorithm, which showed great results in the past. First we describe related works in the area of optimization of Lennard-Jones energy potential and evolutionary algorithms on graphics processing unit. In second part we focus on Lennard-Jones potential and CUDA architecture. In the end we present our program and its results, which we compare with results of two other programs that are executed on a central processing unit. diferencialna evolucija potencial Lennard-Jones CUDA bioinformatika paralelno izvajanje evolucijski algoritem jDE evolucijsko računanje grafična procesna enota differential evolution potential Lennard-Jones CUDA bioinformatics parallelization evolution algorithm jDE evolution computation graphics processing unit true true false [A. Čep] Slovenski jezik Angleški jezik Diplomsko delo/naloga 2011-09-12 10:31:46 2011-09-16 12:15:46 2022-04-14 07:41:26 2023-12-27 03:11:46 2011 0 Maribor 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 004.6.032.24(043.2) 15353622 URN:SI:UM:DK:0IZRTBLL UNI_Cep_Ales_2011.pdf UNI_Cep_Ales_2011.pdf 1 F0299574F53E68DD6C1972AF26E04243 7ac7968abf5f0505ad99c8741ea76123938d722ec3b2d5dbc993fe6c1a038df8 8e3e7cbb-7c05-11eb-bb7a-00155d0001ca 20.500.12556/dkum/93b0e9d6-1dba-4391-bf43-9af06fa72f1c https://dk.um.si/Dokument.php?lang=slv&id=24817 Fakulteta za elektrotehniko, računalništvo in informatiko 0 0 0