20.500.12556/DKUM-78299 Strategije statističnega načrtovanja eksperimentov pri kristalizaciji proteinov, primer lizocima Strategies of statistic experimental design in protein crystallisation, example of lysozyme Lizocim je encim, ki hidrolizira vezi med N-acetil muraminsko kislino in N-acetil-D-glukozaminskimi preostanki znotraj peptidoglikana v bakterijski celični steni, kar pomeni, da ima baktericidni učinek. Lizocim je naravno prisotna molekula v nekaterih živilih živalskega izvora in velikokrat deluje kot naravni konzervans. Namen raziskave je bil ugotoviti dejavnike, ki vplivajo na proces kristalizacije lizocima, oblikovati lestvico za oceno rezultatov kristalizacije ter na osnovi dobljenih načinov kristalizacije lizocima in izvedene raziskave oblikovati strategijo kristalizacije lizocima. Z uporabo delnega faktorskega načrta poskusov smo preučevali vplive treh soli in njihovih koncentracij, koncentracije glicerola, različnih vrednosti pH, temperature, načinov mešanja vzorcev in različnih koncentracij lizocima na njegovo kristalizacijo. Nastali kristali so bili slikani z robotskim sistemom za slikanje kristalov, rezultati uspešnosti kristalizacije pa so bili ovrednoteni po lastni lestvici. Uporabili smo linearno regresijo za ugotavljanje statistično značilnih povezav in metodo podpornih vektorjev za napovedovanje kristalizacije. Pokazali smo, da višje koncentracije NaCl in PEG 4000, nižji pH in nižje temperature, višje koncentracije proteina v raztopini vodijo do kristalizacije lizocima. Model podpornih vektorjev se je izkazal pri napovedovanju kristalizacije – površina pod ROC krivuljo je bila 0,84. Z uporabo eksperimentalnih načrtov, statistične analize opravljenih poskusov, linearne regresije in uporabo umetne inteligence lahko načrtujemo bolj optimalne korake kristalizacije proteinov. Lysozyme is an enzyme that hydrolyses bonds between N-acetyl muraminic acid and N-acetyl-D-glucosamine residues within the peptidoglycan in the bacterial cell wall, meaning it has a bactericidal effect. Lysozyme is a naturally occurring molecule in some foods of animal origin and often acts as a natural preservative. The purpose of the research was to determine the factors influencing the lysozyme crystallization process, to design a scale for evaluating the crystallization results and to form a lysozyme crystallization strategy based on the obtained lysozyme crystallization methods and the performed research. Using a partial factorial experimental design, the effects of three salts and their concentrations, glycerol concentrations, different pH values, the temperature, the way of sample mixing, and different lysozyme concentrations on its crystallization were studied. The resulting crystals were imaged with a robotic crystal imaging system, and the crystallization performance results. lizocim kristalizacija statistična analiza načrtovanje eksperimentov lysozyme crystallization statistical analysis design of experiments true true false Slovenski jezik Angleški jezik Magistrsko delo/naloga 2020-12-02 19:38:56 2021-01-04 13:41:39 2022-08-09 17:49:18 2021-01-05 03:24:38 2020 0 Maribor 0 0000-00-00 NiDoloceno NiDoloceno NiDoloceno 0000-00-00 0000-00-00 0000-00-00 URN:SI:UM:DK:M3K1ZNCP MAG_Jandric_Jelenko_2020.pdf MAG_Jandric_Jelenko_2020.pdf 1 F2518DF2F0E27F6931E3CBE67CD25675 c1da68387c05e88c423d26f50ae6a754126187dc0d6bcf333c8204844ef444ad 07a7643d-7c12-11eb-bb7a-00155d0001ca 20.500.12556/dkum/57e69c4a-b8e8-44c0-bcf4-a59ca1cfaf7d https://dk.um.si/Dokument.php?lang=slv&id=147861 Fakulteta za kmetijstvo in biosistemske vede 0 0 0