<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<Gradivo ID="98729" NadgradivoID="2756" NRID="28856843" OceID="0" DomainUrl="https://dk.um.si/" IzpisPolniUrl="https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?lang=slv&amp;id=98729" StOgledov="292" StPrenosov="5" StOcen="0" VsotaOcen="0" DatumIzvoza="2026-10-01 22:08:59" OcenaSkupna="0" StPodgradiv="0" StudijskiProgramEvsID="" JeIndeksirano="0" JeVecAvtorjev="0" DovoliZahtevkeZaDostop="0">
  <PID Url="http://hdl.handle.net/20.500.12556/DKUM-98729">20.500.12556/DKUM-98729</PID>
  <Naslov>Allosteric coupling between transmembrane segment 4 and the selectivity filter of TALK1 potassium channels regulates their gating by extracellular pH</Naslov>
  <Podnaslov></Podnaslov>
  <TujJezik_Naslov></TujJezik_Naslov>
  <TujJezik_Podnaslov></TujJezik_Podnaslov>
  <Opis>Opening of two-pore domain K+ channels (K2Ps) is regulated by various external cues, such as pH, membrane tension, or temperature, which allosterically modulate the selectivity filter (SF) gate. However, how these cues cause conformational changes in the SF of some K2P channels remains unclear. Herein, we investigate the mechanisms by which extracellular pH affects gating in an alkaline-activated K2P channel, TALK1, using electrophysiology and molecular dynamics (MD) simulations. We show that R233, located at the N-terminal end of transmembrane segment 4, is the primary pHo sensor. This residue distally regulates the orientation of the carbonyl group at the S1 potassium-binding site through an interacting network composed of residues on transmembrane segment 4, the pore helix domain 1, and the SF. Moreover, in the presence of divalent cations, we found the acidic pH-activated R233E mutant recapitulates the network interactions of protonated R233. Intriguingly, our data further suggested stochastic coupling between R233 and the SF gate, which can be described by an allosteric gating model. We propose that this allosteric model could predict the hybrid pH sensitivity in heterodimeric channels with alkaline-activated and acidic-activated K2P subunits.</Opis>
  <TujJezik_Opis></TujJezik_Opis>
  <KljucneBesede>
    <Beseda>potassium channel</Beseda>
    <Beseda>molecular dynamics</Beseda>
    <Beseda>molecular modeling</Beseda>
    <Beseda>structural model</Beseda>
    <Beseda>K2P</Beseda>
    <Beseda>TALK1</Beseda>
    <Beseda>pH sensing</Beseda>
    <Beseda>C-type gate</Beseda>
    <Beseda>channel activation</Beseda>
  </KljucneBesede>
  <TujJezik_KljucneBesede>
    <Beseda>kalijev kanal</Beseda>
    <Beseda>molekulska dinamika</Beseda>
    <Beseda>molekulsko modeliranje</Beseda>
    <Beseda>strukturni model</Beseda>
    <Beseda>K2P</Beseda>
    <Beseda>TALK1</Beseda>
    <Beseda>zaznavanje pH</Beseda>
    <Beseda>vrata tipa C</Beseda>
    <Beseda>aktivacija kanala</Beseda>
  </TujJezik_KljucneBesede>
  <Potrjeno>true</Potrjeno>
  <JeZaklenjeno>false</JeZaklenjeno>
  <JeRecenzirano>true</JeRecenzirano>
  <Zaloznik>ASBMB</Zaloznik>
  <Izvor></Izvor>
  <Jezik ID="1033" ISO639-3="eng">Angleški jezik</Jezik>
  <TujJezik ID="1060" ISO639-3="slv">Slovenski jezik</TujJezik>
  <Povezave></Povezave>
  <Pokrivanje></Pokrivanje>
  <CasovnoPokritje></CasovnoPokritje>
  <AvtorskePravice></AvtorskePravice>
  <VrstaGradiva ID="r2" DRIVER="info:eu-repo/semantics/report">Znanstveno delo</VrstaGradiva>
  <DatumVstavljanja>2026-07-03 08:18:07</DatumVstavljanja>
  <DatumObjave>2026-07-03 08:26:09</DatumObjave>
  <DatumSpremembe>2026-07-04 03:09:56</DatumSpremembe>
  <DatumTrajnegaHranjenja>0000-00-00 00:00:00</DatumTrajnegaHranjenja>
  <LetoIzida>2022</LetoIzida>
  <LetoIzidaDo>0</LetoIzidaDo>
  <KrajIzida></KrajIzida>
  <LetoIzvedbe>0</LetoIzvedbe>
  <KrajIzvedbe></KrajIzvedbe>
  <Opomba></Opomba>
  <StStrani>str. 1-13</StStrani>
  <StevilcenjeNivo1>št. 6, št. članka 101998</StevilcenjeNivo1>
  <StevilcenjeNivo2>Letn. 298</StevilcenjeNivo2>
  <Kronologija>2022</Kronologija>
  <Patent_Stevilka></Patent_Stevilka>
  <Patent_DatumVeljavnosti>0000-00-00</Patent_DatumVeljavnosti>
  <VerzijaDokumenta>Zaloznikova</VerzijaDokumenta>
  <StatusObjaveDrugje>Objavljeno</StatusObjaveDrugje>
  <VrstaStroskaObjave>NiDoloceno</VrstaStroskaObjave>
  <DatumPoslanoVRecenzijo>2022-04-19</DatumPoslanoVRecenzijo>
  <DatumSprejetjaClanka>2021-12-24</DatumSprejetjaClanka>
  <DatumObjaveClanka>2022-04-29</DatumObjaveClanka>
  <Licence>
    <Licenca ID="1" Kratica="CC BY-NC-ND 4.0" Naziv="Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 4.0 Mednarodna" URL="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.sl" Logo="by-nc-nd.eu.png" LogoPolniUrl="https://dk.um.si/teme/dkumDev2/img/licence/by-nc-nd.eu.png" DatumZacetkaLicenciranja="" VezanoNa="" VezanoNaAng="" Besedilo="" BesediloAng=""></Licenca>
  </Licence>
  <EmbargoDo></EmbargoDo>
  <VrstaEmbarga ID="1" Naziv="Takojšnja javna objava" OpenAIREDostop="openAccess"></VrstaEmbarga>
  <Osebe>
    <Oseba ID="92954" Ime="Wen-Hao" Priimek="Tsai" AltIme="" VlogaID="70" VlogaNaziv="Avtor" ConorID="419351299" Afiliacija="" ArrsID="" ORCID=""></Oseba>
    <Oseba ID="104402" Ime="Cédric" Priimek="Grauffel" AltIme="" VlogaID="70" VlogaNaziv="Avtor" ConorID="474205955" Afiliacija="" ArrsID="" ORCID=""></Oseba>
    <Oseba ID="104403" Ime="Yueh-Ming" Priimek="Huang" AltIme="" VlogaID="70" VlogaNaziv="Avtor" ConorID="396842499" Afiliacija="" ArrsID="" ORCID=""></Oseba>
    <Oseba ID="92953" Ime="Sandra" Priimek="Postić" AltIme="Sandra Postic; S. Postić" VlogaID="70" VlogaNaziv="Avtor" ConorID="403027459" Afiliacija="" ArrsID="" ORCID=""></Oseba>
    <Oseba ID="25423" Ime="Marjan" Priimek="Rupnik" AltIme="M. Rupnik; M Rupnik; Marjan Slak Rupnik; Marjan Slak Rupnik; Marjan S. Rupnik; M. S. Rupnik; MS Rupnik; M. Slak Rupnik; M. Slak Rupnik; M.S. Rupnik; Marjan Slak-Rupnik; Marjan Slak- Rupnik" VlogaID="70" VlogaNaziv="Avtor" ConorID="3655779" Afiliacija="" ArrsID="12266" ORCID=""></Oseba>
    <Oseba ID="104404" Ime="Carmay" Priimek="Lim" AltIme="" VlogaID="70" VlogaNaziv="Avtor" ConorID="474208003" Afiliacija="" ArrsID="" ORCID=""></Oseba>
    <Oseba ID="37561" Ime="Shi-Bing" Priimek="Yang" AltIme="S.-B. Yang" VlogaID="70" VlogaNaziv="Avtor" ConorID="73135715" Afiliacija="" ArrsID="" ORCID=""></Oseba>
  </Osebe>
  <Identifikatorji>
    <Identifikator ID="4" Sifra="UDK" Naziv="UDK" URL="">612</Identifikator>
    <Identifikator ID="3" Sifra="CobissID" Naziv="COBISS_ID" URL="https://plus.cobiss.net/cobiss/si/sl/bib/283339523">283339523</Identifikator>
    <Identifikator ID="15" Sifra="DOI" Naziv="DOI" URL="http://dx.doi.org/10.1016/j.jbc.2022.101998 External Link">10.1016/j.jbc.2022.101998 External Link</Identifikator>
    <Identifikator ID="9" Sifra="ISSN-clanka" Naziv="ISSN pri članku" URL="">1083-351X</Identifikator>
  </Identifikatorji>
  <Relacije>
  </Relacije>
  <VerzijeGradiva>
  </VerzijeGradiva>
  <Datoteke>
    <Datoteka ID="207859" DatotekaNRID="14729393" NamenDatotekeID="2" NamenDatoteke="Predstavitvena datoteka" FormatDatotekeID="2" FormatDatoteke=".pdf" MIME="application/pdf" IkonaFormata="pdf.gif" IkonaFormataPolniUrl="https://dk.um.si/teme/dkumDev2/img/fileTypes/pdf.gif" VelikostDatoteke="2910680" VelikostDatotekeKratko="2,78 MB" DatumVstavljanja="2026-07-03 08:23:59" JeZbrisana="false" JeJavnoVidna="true" JeIndeksirana="true" JeVidno="true" VidnoOd="01.01.1970" Zaporedje="0">
      <Naziv>RAZ_Tsai_Wen-Hao_2022.pdf</Naziv>
      <OrgNaziv>RAZ_Tsai_Wen-Hao_2022.pdf</OrgNaziv>
      <URL></URL>
      <Opis></Opis>
      <OpisTujJezik></OpisTujJezik>
      <UrlObdelave></UrlObdelave>
      <FrekvencaAzuriranjaID>1</FrekvencaAzuriranjaID>
      <Verzija></Verzija>
      <MD5>8A747359C9C34EC7B790D5C597BCAEC5</MD5>
      <SHA256>2be7d868781016215134a8791ba05ee577f12ed62361704ecd5d16463a74d62e</SHA256>
      <UUID>c6c38ddc-76a7-11f1-9131-00155d580e34</UUID>
      <PID></PID>
      <PrenosPolniUrl>https://dk.um.si/Dokument.php?lang=slv&amp;id=207859</PrenosPolniUrl>
      <Vsebine>
        <Vsebina TipVsebine="GoloBesedilo" JezikID="1033" Oznaka="" Dolzina="58000"></Vsebina>
      </Vsebine>
    </Datoteka>
    <Datoteka ID="207860" DatotekaNRID="0" NamenDatotekeID="5" NamenDatoteke="Izvorni URL" FormatDatotekeID="56" FormatDatoteke="URL" MIME="text/url" IkonaFormata="html.gif" IkonaFormataPolniUrl="https://dk.um.si/teme/dkumDev2/img/fileTypes/html.gif" VelikostDatoteke="0" VelikostDatotekeKratko="0,00 KB" DatumVstavljanja="2026-07-03 08:24:53" JeZbrisana="false" JeJavnoVidna="true" JeIndeksirana="false" JeVidno="true" VidnoOd="01.01.1970" Zaporedje="1">
      <Naziv></Naziv>
      <OrgNaziv></OrgNaziv>
      <URL>https://doi.org/10.1016/j.jbc.2022.101998</URL>
      <Opis></Opis>
      <OpisTujJezik></OpisTujJezik>
      <UrlObdelave></UrlObdelave>
      <FrekvencaAzuriranjaID>0</FrekvencaAzuriranjaID>
      <Verzija></Verzija>
      <MD5></MD5>
      <SHA256></SHA256>
      <UUID>e6da66ac-76a7-11f1-9131-00155d580e34</UUID>
      <PID></PID>
      <PrenosPolniUrl>https://dk.um.si/Dokument.php?lang=slv&amp;id=207860</PrenosPolniUrl>
      <Vsebine>
      </Vsebine>
    </Datoteka>
    <Datoteka ID="207857" DatotekaNRID="0" NamenDatotekeID="5" NamenDatoteke="Izvorni URL" FormatDatotekeID="56" FormatDatoteke="URL" MIME="text/url" IkonaFormata="html.gif" IkonaFormataPolniUrl="https://dk.um.si/teme/dkumDev2/img/fileTypes/html.gif" VelikostDatoteke="0" VelikostDatotekeKratko="0,00 KB" DatumVstavljanja="2026-07-03 08:18:08" JeZbrisana="false" JeJavnoVidna="true" JeIndeksirana="false" JeVidno="true" VidnoOd="01.01.1970" Zaporedje="2">
      <Naziv></Naziv>
      <OrgNaziv></OrgNaziv>
      <URL>https://www.jbc.org/article/S0021-9258(22)00438-0/fulltext</URL>
      <Opis></Opis>
      <OpisTujJezik></OpisTujJezik>
      <UrlObdelave></UrlObdelave>
      <FrekvencaAzuriranjaID>1</FrekvencaAzuriranjaID>
      <Verzija></Verzija>
      <MD5></MD5>
      <SHA256></SHA256>
      <UUID>f5d905d9-76a6-11f1-9131-00155d580e34</UUID>
      <PID></PID>
      <PrenosPolniUrl>https://dk.um.si/Dokument.php?lang=slv&amp;id=207857</PrenosPolniUrl>
      <Vsebine>
      </Vsebine>
    </Datoteka>
  </Datoteke>
  <Organizacije>
    <Organizacija OrganizacijaID="17" Kratica="MF" ZavodEvsID="0000048" Logo="MF_logo.gif" LogoPolniUrl="https://dk.um.si/teme/dkumDev2/img/logo/MF_logo.gif">Medicinska fakulteta</Organizacija>
  </Organizacije>
  <OrganizacijeVira>
  </OrganizacijeVira>
  <MetodeZbiranjaPodatkov>
  </MetodeZbiranjaPodatkov>
  <TipologijaDela ID="1.01" Koda="1.01" Naziv="Izvirni znanstveni članek" SchemaOrg="Article"></TipologijaDela>
  <OpenAIRE>
    <OpenAIRE ProjektID="" Stevilka="" Naslov="" Akronim="" Delez="0"></OpenAIRE>
    <OpenAIRE ProjektID="" Stevilka="" Naslov="" Akronim="" Delez="0"></OpenAIRE>
  </OpenAIRE>
  <Ostalo>
    <StIrodsDatotek>0</StIrodsDatotek>
    <StDatotekPodTrajnimEmbargom>0</StDatotekPodTrajnimEmbargom>
    <StDatotekZOmejenimDostopom>0</StDatotekZOmejenimDostopom>
  </Ostalo>
</Gradivo>
