Mehanizem stabilizacije humanega transportnega proteina transtiretina z rožmarinsko kislino

Kočevar, Meta

| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Prva stran > Izpis gradiva

Izpis gradiva

Naslov:	Mehanizem stabilizacije humanega transportnega proteina transtiretina z rožmarinsko kislino
Avtorji:	ID Kočevar, Meta (Avtor) ID Bren, Urban (Mentor) Več o mentorju... ID Lešnik, Samo (Komentor)
Datoteke:	MAG_Kocevar_Meta_2024.pdf (4,82 MB) MD5: D4589AA5A568787C9AD12E3F9DB3CB20
Jezik:	Slovenski jezik
Vrsta gradiva:	Neznano
Organizacija:	FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
Opis:	Dedna transtiretinska amiloidoza je avtosomno dominantna bolezen. Nastane kot posledica mutacije v proteinu transtiretinu. Mutacije povzročajo strukturne spremembe proteina, ki jim sledi disociacija v monomere in kasneje agregacija monomerov ter tvorba amiloidnih vlakenc. Vlakenca se nalagajo v tkivih kot so živčevje, srce in ledvice. Nestabilno strukturo proteina, ki jo povzročajo mutacije, je možno stabilizirati z vezavo majhnih molekul na protein. Ena izmed takšnih molekul je rožmarinska kislina. V magistrskem delu smo z uporabo računalniških simulacij molekulske dinamike ugotavljali, kako mutacija V30M vpliva na stabilnost strukture proteina transtiretina. Na protein smo vezali tudi rožmarinsko kislino in opazovali, ali se z vezavo stabilnost proteina spremeni. Pri tem smo uporabili dva različna načina parametrizacije polja sil za rožmarinsko kislino. Za pripravo 6 simulacij molekulske dinamike smo uporabili program CHARMM-GUI, za samo izvedbo simulacij pa program NAMD. Rezultate smo vizualno pregledali in analizirali s programoma Chimera in Cytoscape. Analiza trajektorij molekulskih dinamik je obsegala izračun srednjega kvadrata odstopanja, analizo vodikovih vezi in analizo vseh nekovalentnih kontaktov. Rezultati, ki smo jih pri tem dobili, kažejo, da mutacija V30M povzroči manj stabilno strukturo transtiretina. Avtomatsko parametrizirana rožmarinska kislina na stabilnost kompleksa protein-ligand za nemutirani protein ni imela velikega vpliva, medtem ko je ročno parametrizirana rožmarinska kislina zmanjšala število kontaktov med nemutiranim proteinom in ligandom. V primeru vezave ročno parametrizirane rožmarinske kisline pa smo zaznali veliko število kontaktov med proteinom in ligandom. Ob vezavi rožmarinske kisline na nemutirani protein smo zaznali manjšo stabilnost proteina. Vezava rožmarinske kisline na mutirani protein pa izboljša stabilnost proteina.
Ključne besede:	transtiretin, transtiretinska amiloidoza, rožmarinska kislina, simulacije molekulske dinamike, polje sil, stabilnost proteina
Kraj izida:	Maribor
Leto izida:	2020
PID:	20.500.12556/DKUM-90305
UDK:	712.253(497.4Maribor)
COBISS.SI-ID:	24387075
ISSN pri članku:	0350-4972
Datum objave v DKUM:	10.10.2024
Število ogledov:	161
Število prenosov:	108
Metapodatki:
Področja:	KTFMB - FKKT
:	Kopiraj citat

Skupna ocena:	(0 glasov)
Vaša ocena:	Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
Objavi na:

Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Licence

Licenca:	CC BY-NC-ND 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 4.0 Mednarodna

Povezava:	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.sl
Opis:	Najbolj omejujoča licenca Creative Commons. Uporabniki lahko prenesejo in delijo delo v nekomercialne namene in ga ne smejo uporabiti za nobene druge namene.
Začetek licenciranja:	28.08.2024

Sekundarni jezik

Jezik:	Angleški jezik
Naslov:	Stabilisation mechanism of the human transthyretin transporter protein by rosmarinic acid
Opis:	Hereditary transthyretin amyloidosis is an autosomal dominant disease. The disease is caused by a mutation in the transthyretin protein. Mutations cause structural changes in the protein, followed by dissociation into monomers and subsequent aggregation of the monomers to form amyloid fibrils. Fibrils are deposited in organs such as the nervous system, heart and kidneys. The unstable protein structure caused by mutations can be stabilised by binding small molecules to the protein. One such molecule is rosmarinic acid. In this thesis, we used computational molecular dynamics simulations to determine how the V30M mutation affects the stability of the structure of the transthyretin protein. We also bound rosmarinic acid to the protein and observed whether the binding changes the stability of the protein. Two different ways of the force field parameterisation for rosmarinic acid were used. We applied CHARMM-GUI to prepare the 6 molecular dynamics simulations and NAMD to run them. The results were visually examined and analysed using Chimera and Cytoscape. The analysis of the molecular dynamics trajectories included the calculation of the Root Mean Square Deviation, the analysis of hydrogen bonds and the analysis of all non-covalent contacts. The results obtained show that the V30M mutation results in a less stable transthyretin structure. The stability of the protein-ligand complex for the non-mutated protein was not significantly affected by the automatically parameterised rosmarinic acid, whereas the manually parameterised rosmarinic acid reduced the number of contacts between the non-mutated protein and the ligand. However, in the case of binding manually parameterised rosmarinic acid, a high number of contacts between the protein and the ligand was detected. Binding of rosmarinic acid to the mutated protein improves the stability of the protein. However, when rosmarinic acid was bound to the non-mutated protein, we detected lack of stability of the protein itself.
Ključne besede:	transthyretin, transthyretin amyloidosis, rosmarinic acid, molecular dynamics simulations, force field, protein stability

Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)

0 - 0 / 0

Ni komentarjev!

Nazaj