| Naslov: | Izražanje izoform gena DDB2 v mononuklearnih celicah periferne krvi pri različnih podtipih raka dojke : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje |
|---|
| Avtorji: | ID Rajh, Karin (Avtor)
ID Potočnik, Uroš (Mentor) Več o mentorju... 
ID Čelešnik, Helena Sabina (Komentor)
ID Arko, Darja (Komentor) |
|---|
| Datoteke: |  UN_Rajh_Karin_2024.pdf (2,34 MB)
MD5: 42A985727AE819F47758B70F47105B69
|
|---|
| Jezik: | Slovenski jezik |
|---|
| Vrsta gradiva: | Diplomsko delo/naloga |
|---|
| Tipologija: | 2.11 - Diplomsko delo |
|---|
| Organizacija: | FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
|
|---|
| Opis: | Rak dojke (RD) je najpogosteje diagnosticiran rak pri ženskah in je glavni vzrok smrti zaradi raka pri ženskah po vsem svetu. Gre za heterogeno bolezen, ki se razlikuje na molekularni, histološki in klinični ravni. Ločimo več podtipov RD, ki jih delimo na podlagi histopatoloških in molekularnih značilnosti. Podtipa trojno negativni RD in HER2-pozitivni RD (TNRD in HER2+) sta na splošno bolj imunogena in povezana z boljšo odzivnostjo na imunoterapijo kot luminalna podtipa (luminalni A in B).
Analize krvi omogočajo vpogled v sistemski imunski odziv na tumorske celice. Odvzem krvi je lahko dostopna metoda pridobivanja bioloških vzorcev, ki lahko pripomore k zgodnjemu odkrivanju RD. V Centru za humano genetiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete v Mariboru so z metodo RNA-seq opravili sekvenciranje transkriptoma imunskih celic iz periferne krvi (mononuklearnih celic periferne krvi, PBMC) pri 25 bolnicah z RD, od tega 13 s podtipom luminalni A in 12 s podtipom TNRD. Z bioinformatsko analizo transkripcijskih izoform so identificirali izoformo ENST00000378603 gena DDB2 kot potencialno pomembno, saj je pokazala značilno diferencialno izražanje med tema dvema podtipoma RD. V nasprotju z omenjeno izoformo pa so se druge izoforme gena DDB2, na primer izoforma ENST00000256996, enako izražale pri podtipih TNRD in luminalni A.
Namen te diplomske naloge je bila validacija ter razširitev teh ugotovitev z analizo izoform gena DDB2 z metodo RT-qPCR na večjem številu vzorcev, ki so vključevali 182 vzorcev bolnic z RD vseh podtipov in 37 vzorcev zdravih oseb. Da bi lahko ovrednotili izražanje izoform gena DDB2 z metodo RT-qPCR, je bilo najprej potrebno optimizirati reakcijske pogoje s specifičnimi oligonukleotidnimi začetniki za obe izoformi. Po optimizaciji reakcijskih pogojev smo z RT-qPCR izmerili izražanje izoforme ENST00000256996 pri bolnicah z RD in zdravih osebah. V nasprotju pa je bila optimizacija reakcijskih pogojev za izoformo ENST00000378603 neuspešna.
Ugotovili smo, da se izoforma ENST00000256996 statistično značilno bolj izraža v vzorcih zdravih oseb kot v vzorcih pacientk z RD, kar je v skladu z našo hipotezo, saj je produkt gena DDB2 udeležen pri popravljanju poškodb DNA, njegova odsotnost pa je povezana s kopičenjem DNA-napak in kancerogenezo. Rezultati so potrdili tudi, da se analizirana izoforma enako izraža v podtipih RD TNRD in luminalni A. |
|---|
| Ključne besede: | Rak dojke, TNRD, PBMC, DDB2, transkripcijske izoforme, biooznačevalci |
|---|
| Kraj izida: | Maribor |
|---|
| Kraj izvedbe: | Maribor |
|---|
| Založnik: | [K. Rajh] |
|---|
| Leto izida: | 2024 |
|---|
| Št. strani: | 1 spletni vir (1 datoteka PDF (IX, 29 f.)) |
|---|
| PID: | 20.500.12556/DKUM-90334 |
|---|
| UDK: | 575.11:618.19-006(043.2) |
|---|
| COBISS.SI-ID: | 221558019 |
|---|
| Datum objave v DKUM: | 20.09.2024 |
|---|
| Število ogledov: | 197 |
|---|
| Število prenosov: | 111 |
|---|
| Metapodatki: |    |
|---|
| Področja: | KTFMB - FKKT
|
|---|
|
:
|
Kopiraj citat |
|---|
| | | | Skupna ocena: | (0 glasov) |
|---|
| Vaša ocena: | Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom. |
|---|
| Objavi na: |  |
|---|
Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše
podrobnosti ali sproži prenos. |
