Preučevanje mehanizma inhibicije rožmarinske kisline na glavni proteazi sars-cov-2 z dinamičnimi simulacijami : magistrsko delo

Žižek, Amanda

| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Prva stran > Izpis gradiva

Izpis gradiva

Naslov:	Preučevanje mehanizma inhibicije rožmarinske kisline na glavni proteazi sars-cov-2 z dinamičnimi simulacijami : magistrsko delo
Avtorji:	ID Žižek, Amanda (Avtor) ID Bren, Urban (Mentor) Več o mentorju... ID Lešnik, Samo (Komentor)
Datoteke:	MAG_Zizek_Amanda_2026.pdf (2,13 MB) MD5: 5741C3CCE72AA25A8C3CB46E954E12B9
Jezik:	Slovenski jezik
Vrsta gradiva:	Magistrsko delo/naloga
Tipologija:	2.09 - Magistrsko delo
Organizacija:	FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
Opis:	SARS-CoV-2 je virus z visoko stopnjo mutacij in izrazito nalezljivostjo, kar predstavlja velik izziv za razvoj učinkovitih protivirusnih terapij. Ena ključnih tarč za zdravljenje bolezni COVID-19 je glavna proteaza (Mpro), ki ima bistveno vlogo pri proteolitski cepitvi virusnih poliproteinov in s tem omogoča replikacijo virusa. Zaviranje delovanja tega encima predstavlja obetaven pristop k preprečevanju razmnoževanja virusa. Naravni produkti, zlasti polifenolne spojine, so zaradi nizke toksičnosti in raznolikega biološkega delovanja zanimiv vir novih protivirusnih učinkovin. Ena izmed takšnih spojin je rožmarinska kislina, naravna fenolna kislina, prisotna v rastlinah družin Boraginaceae in Lamiaceae, ki izkazuje antioksidativno, protivnetno in protivirusno delovanje. Cilj magistrskega dela je bil preučiti mehanizem inhibicije rožmarinske kisline na glavni proteazi SARS-CoV-2 z uporabo simulacij molekulske dinamike. V okviru dela je bila uporabljena kristalna struktura kompleksa Mpro z rožmarinsko kislino iz baze Protein Data Bank (8YRH). Priprava simulacijskega sistema je potekala v programu CHARMM-GUI, molekulska dinamika je bila izvedena s programom NAMD, analiza rezultatov pa z orodjema Chimera in Cytoscape. Simulacija v dolžini 100 ns je omogočila vpogled v stabilnost kompleksa ter dinamiko vezave liganda v aktivnem mestu encima. Analiza parametrov stabilnosti je pokazala, da prisotnost rožmarinske kisline poveča strukturno stabilnost proteaze, analiza vodikovih vezi pa je razkrila pomembne interakcije z aminokislinskimi ostanki aktivnega mesta. Pridobljeni rezultati potrjujejo potencial rožmarinske kisline kot naravnega inhibitorja Mpro in predstavljajo osnovo za nadaljnje racionalno načrtovanje izboljšanih protivirusnih učinkovin.
Ključne besede:	SARS-CoV-2, Mpro, rožmarinska kislina, molekulska dinamika, računalniške simulacije
Kraj izida:	Maribor
Kraj izvedbe:	Maribor
Založnik:	[A. Žižek]
Leto izida:	2026
Št. strani:	1 spletni vir (1 datoteka PDF (VIII, 29 str.))
PID:	20.500.12556/DKUM-97722
UDK:	615.281.8:582.943.16(043.2)
COBISS.SI-ID:	277132291
Datum objave v DKUM:	04.05.2026
Število ogledov:	184
Število prenosov:	33
Metapodatki:
Področja:	KTFMB - FKKT
:	Kopiraj citat

Skupna ocena:	(0 glasov)
Vaša ocena:	Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
Objavi na:

Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Licence

Licenca:	CC BY-NC-ND 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 4.0 Mednarodna

Povezava:	http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.sl
Opis:	Najbolj omejujoča licenca Creative Commons. Uporabniki lahko prenesejo in delijo delo v nekomercialne namene in ga ne smejo uporabiti za nobene druge namene.
Začetek licenciranja:	07.04.2026

Sekundarni jezik

Jezik:	Angleški jezik
Naslov:	Studying the inhibition mechanism of rosmarinic acid on sars-cov-2 major protease by dynamic simulations
Opis:	SARS-CoV-2 is characterized by a high mutation rate and strong infectivity, which represents a major challenge for the development of effective antiviral therapies. One of the most important therapeutic targets for the treatment of COVID-19 is the SARS-CoV-2 main protease (Mpro), which plays a crucial role in the proteolytic cleavage of viral polyproteins and is therefore essential for viral replication. Inhibition of this enzyme represents a promising strategy for suppressing viral proliferation. Natural products, particularly polyphenolic compounds, are of increasing interest as potential antiviral agents due to their low toxicity and diverse biological activities. One such compound is rosmarinic acid, a natural phenolic acid found in plants of the Boraginaceae and Lamiaceae families, which exhibits antioxidant, anti-inflammatory, and antiviral properties. The aim of this master’s thesis was to investigate the inhibition mechanism of rosmarinic acid on the SARS-CoV-2 main protease using molecular dynamics simulations. The crystal structure of the Mpro–rosmarinic acid complex (8YRH) was used as the starting model. System preparation was performed using CHARMM-GUI, molecular dynamics simulations were carried out with NAMD, and trajectory analysis was conducted using Chimera and Cytoscape. A 100 ns molecular dynamics simulation provided insights into the stability of the protein–ligand complex and the dynamic behavior of rosmarinic acid within the active site of Mpro. Analyses of stability parameters demonstrated that the presence of rosmarinic acid increases the structural stability of the protease. Hydrogen bond analysis revealed key interactions between rosmarinic acid and important active-site residues. The obtained results confirm the inhibitory potential of rosmarinic acid and provide a valuable basis for the rational design of improved natural inhibitors targeting the SARS-CoV-2 main protease.
Ključne besede:	SARS-CoV-2, Mpro, rosmarinic acid, molecular dynamics, computer simulations

Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)

0 - 0 / 0

Ni komentarjev!

Nazaj