| Title: | RAČUNALNIŠKE SIMULACIJE VPLIVA METILACIJE CITOZINA NA VEZAVO AFLATOKSINA B1 V DVOVERIŽNO DNK |
|---|
| Authors: | ID Kores, Katarina (Author)
ID Bren, Urban (Mentor) More about this mentor...  |
|---|
| Files: |  UN_Kores_Katarina_2016.pdf (2,49 MB)
MD5: F479FFA3B58E5D8329C41558C2F312DE
|
|---|
| Language: | Slovenian |
|---|
| Work type: | Bachelor thesis/paper |
|---|
| Typology: | 2.11 - Undergraduate Thesis |
|---|
| Organization: | FKKT - Faculty of Chemistry and Chemical Engineering
|
|---|
| Abstract: | Aflatoksini so metaboliti gliv iz družine Aspergillus, ki jih pogosto najdemo v nepravilno skladiščenih žitaricah, koruzi in oreščkih. Aflatoksin B1 je eden najbolj kancerogenih mikotoksinov, zato je raziskovanje njegovih vplivov in posledic zelo pomembno, saj bi lahko na tak način zmanjšali ali celo preprečili zastrupitve. Študij aflatoksina B1 je v znanstveni literaturi že veliko, saj se zelo rad kemijsko veže v dvojno vijačnico DNK, kjer povzroča nadaljnje mutacije.
V diplomski nalogi smo se osredotočili na enega od dejavnikov, ki bi potencialno lahko vplival na afiniteto vezave aflatoksina B1, to je metilacija citozina v CpG območju samega vezavnega mesta. Tu imamo dva citozina na komplementarnih verigah DNK, zato smo imeli štiri možne kombinacije metiliranih citozinov, torej štiri obravnavane sisteme. Raziskovanja smo se lotili s pomočjo računalniških simulacij.
Za določitev delnih nabojev 5-metil citozina smo uporabili ab initio metodi Hartree-Fock in RESP. Za simulacije molekulske dinamike (MD) smo ustrezne empirične parametre prevzeli iz AMBER-jevih topoloških in parametrskih knjižnic. Topologijo molekule aflatoksina B1 smo pridobili od kolega Tiborja Kune. Simulacije MD (5,4 ns) smo izvedli s programskih paketom Q, iz dobljenih trajektorij pa smo po metodi LIE izračunali vezavne Gibbsove proste energije. Prav tako smo spremljali število dogodkov, kjer je razdalja med vezavnima atomoma C8 (aflatoksin B1) in N7 (gvanin) znotraj odrezne razdalje, iz česar smo nato sklepali, ali bi kovalentna vez lahko nastala.
Rezultati kažejo, da imamo pri vseh sistemih potencialne možnosti za nastanek kovalentne vezi med vezavnima atomoma. Izračuni po metodi LIE pa kažejo, da med posameznimi sistemi ni signifikantnih razlik v interkalacijskih prostih energijah molekule aflatoksina B1. |
|---|
| Keywords: | DNK, aflatoksin B1, metilacija citozina, molekulska dinamika, prosta energija, interkalacija |
|---|
| Place of publishing: | Maribor |
|---|
| Publisher: | [K. Kores] |
|---|
| Year of publishing: | 2016 |
|---|
| PID: | 20.500.12556/DKUM-62093 |
|---|
| UDC: | 582.28:575(043.2) |
|---|
| COBISS.SI-ID: | 20339222 |
|---|
| NUK URN: | URN:SI:UM:DK:Y3L68LJI |
|---|
| Publication date in DKUM: | 16.09.2016 |
|---|
| Views: | 2156 |
|---|
| Downloads: | 174 |
|---|
| Metadata: |    |
|---|
| Categories: | KTFMB - FKKT
|
|---|
|
:
|
Copy citation |
|---|
| | | | Average score: | (0 votes) |
|---|
| Your score: | Voting is allowed only for logged in users. |
|---|
| Share: |  |
|---|
Hover the mouse pointer over a document title to show the abstract or click
on the title to get all document metadata. |
