| Title: | PRIMERJAVA UČINKOVITOSTI IMPLEMENTACIJE ALGORITMOV NEEDLEMAN-WUNSCH IN SMITH-WATERMAN ZA PORAVNAVO ZAPOREDIJ V BIOINFORMATIKI |
|---|
| Authors: | ID Matjašec, Matej (Author)
ID Verber, Domen (Mentor) More about this mentor...  |
|---|
| Files: |  MAG_Matjasec_Matej_2016.pdf (1,47 MB)
MD5: C44BF95A93571816B10A5C2FA9D31A21
|
|---|
| Language: | Slovenian |
|---|
| Work type: | Master's thesis/paper |
|---|
| Typology: | 2.09 - Master's Thesis |
|---|
| Organization: | FZV - Faculty of Health Sciences
|
|---|
| Abstract: | Raziskovana in primerjana je učinkovitost implementacij algoritmov Needleman-Wunscha in Smith-Watermana za primerjave zaporedij na področju bioinformatike. Na podlagi implementacij smo nad enakimi podatki merili čase izvajanja v programskima jezikoma C++, Perl in statističnem jeziku R.
Metodologija raziskovanja: Teoretična podlaga magistrske naloge temelji na ustreznih objavah različnih avtorjev in spletnih virov.
Rezultati: Pri času izvajanja algoritmov v programskem jeziku C++ krajši vhodni niz ne presega 1 ms in daljši vhodni niz ne presega 15 ms. Pri programskem jeziku Perl in statičnem jeziku R, kjer se čas izvajanja z dolžino niza eksponentno povečuje.
Sklep: Čas izvajanja algoritmov Needleman-Wunscha in Smith-Watermana z enakimi vhodnimi podatki v programskem jeziku C++, je krajši kot v programskem jeziku Perl ali statističnem jeziku R. |
|---|
| Keywords: | poravnava zaporedij, Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, C++, Perl, R. |
|---|
| Place of publishing: | Maribor |
|---|
| Publisher: | [M. Matjašec] |
|---|
| Year of publishing: | 2016 |
|---|
| PID: | 20.500.12556/DKUM-64442 |
|---|
| UDC: | 575.112(043.2) |
|---|
| COBISS.SI-ID: | 2279844 |
|---|
| NUK URN: | URN:SI:UM:DK:XALWMAJ9 |
|---|
| Publication date in DKUM: | 11.11.2016 |
|---|
| Views: | 1465 |
|---|
| Downloads: | 154 |
|---|
| Metadata: |    |
|---|
| Categories: | FZV
|
|---|
|
:
|
Copy citation |
|---|
| | | | Average score: | (0 votes) |
|---|
| Your score: | Voting is allowed only for logged in users. |
|---|
| Share: |  |
|---|
Hover the mouse pointer over a document title to show the abstract or click
on the title to get all document metadata. |
