| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Izpis gradiva Pomoč

Naslov:Inhibicija samo-replikacije proteinskih fibrilov
Avtorji:ID Curk, Samo (Avtor)
ID Gosak, Marko (Mentor) Več o mentorju... Novo okno
ID Šarić, Anđela (Komentor)
Datoteke:.pdf MAG_Curk_Samo_2018.pdf (10,23 MB)
MD5: 170CFAC6FDD65D387BCBA7547A28D181
PID: 20.500.12556/dkum/51caf013-b6cf-4dea-a484-79039d4ef842
 
Jezik:Slovenski jezik
Vrsta gradiva:Magistrsko delo/naloga
Tipologija:2.09 - Magistrsko delo
Organizacija:FNM - Fakulteta za naravoslovje in matematiko
Opis:Proteinski fibrili nastanejo z agregacijo delno zvitih proteinov in so odgovorni ali pomembno vplivajo na mnogo hudih človeških bolezni, kot sta Alzeimerjeva ali diabetes tipa II. Samo-replikacija fibrilov je proces, v katerem obstoječi proteinski fibrili katalizirajo nastanek novih fibrilov na način, da ponudijo vezavno površino, kjer se proteini lažje srečajo in agregirajo. To prispeva k naglem in eksponentnem napredovanju bolezni. V magistrski nalogi predstavimo Monte Carlo simulacije računalniškega modela agregacije, v katerega vpeljemo inhibitorje. To so delci, ki se lahko vežejo na površino fibrilov in tako inhibirajo oziroma upočasnijo proces samo-replikacije. Takšen način inhibicije se izkaže za zelo učinkovit, ampak zaradi odbojne interakcije med delci naletimo tudi na pojav makromolekularnega gnečenja, ki povzroči, da se pri določeni pokritosti površine s proteini hitrost samo-replikacije poveča. Edinstven deskriptor hitrosti replikacije najdemo v povprečni velikosti skupka na površino vezanih proteinov, ki nosi informacijo o celotni porazdelitvi agregacijskih skupkov. Predstavimo teorije, ki uspešno razložijo vse značilnosti opažanega obnašanja. S pomočjo mrežnega modela napovemo, katere interakcije med delci na površini imajo največji inhibicijski potencial.
Ključne besede:agregacija amiloidov, samo-sestavljanje proteinov, inhibicija, ra\v cunalni\v ske simulacije, metoda Monte Carlo, nukleacijski mehanizem, gne\v cenje makromolekul, krajina proste energije, statisti\v cna mehanika, mehka snov, fizikalna kemija
Kraj izida:Maribor
Založnik:[S. Curk]
Leto izida:2018
PID:20.500.12556/DKUM-72364 Novo okno
UDK:577.3(043.2)
COBISS.SI-ID:24130568 Novo okno
NUK URN:URN:SI:UM:DK:KAMTFQ19
Datum objave v DKUM:20.11.2018
Število ogledov:1319
Število prenosov:170
Metapodatki:XML DC-XML DC-RDF
Področja:FNM
:
Kopiraj citat
  
Skupna ocena:(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
Objavi na:Bookmark and Share



Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Licence

Licenca:CC BY-NC-ND 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 4.0 Mednarodna
Povezava:http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.sl
Opis:Najbolj omejujoča licenca Creative Commons. Uporabniki lahko prenesejo in delijo delo v nekomercialne namene in ga ne smejo uporabiti za nobene druge namene.
Začetek licenciranja:20.09.2018

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Inhibition of self-replication of protein fibrils
Opis:Protein fibrils are formed by a process called amyloid aggregation and are implicated in many debilitating human diseases such as Alzheimer's or Type II Diabetes. Self-replication of fibrils is a process by which existing protein fibrils catalyse the formation of new fibrils by offering a surface on which proteins can bind, and therefore facilitate aggregation. This leads to exponential growth of fibril mass and fast propagation of amyloid diseases. In this thesis, we present simulations of a minimal but fairly complex computational model of aggregation with added inhibitory particles that can bind to the fibril surface. It turns out the mechanism of inhibition where inhibitors compete with proteins for the surface is very promising. However, we also find a manifestation of a macromolecular crowding effect which actually promotes self-replication at given protein coverage of the fibril surface. We find a unique descriptor for the rate of replication in the average protein aggregate size. We present theories that successfully explain all characteristics of observed simulation behaviour. By employing a lattice model, we predict which inter-particle interactions on the fibril surface have the largest inhibitory potential.
Ključne besede:Amyloid Aggregation, Self-assembly, Protein Fibrils, Inhibition, Course-grained Simulation, Monte Carlo Method, Nucleation Mechanism, Macromolecular Crowding, Free Energy Landscape, Statistical Mechanics, Soft Matter, Physical Chemistry


Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici