| Title: | Detekcija ohranjenih vod na medproteinskih površinah : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje |
|---|
| Authors: | ID Masten, Ines (Author)
ID Bren, Urban (Mentor) More about this mentor... 
ID Jukič, Marko (Comentor) |
|---|
| Files: |  UN_Masten_Ines_2020.pdf (2,97 MB)
MD5: CD1194E704CF65FC96A83D628537D95B
PID: 20.500.12556/dkum/660a1809-099e-425b-a360-2afdf164c92e
|
|---|
| Language: | Slovenian |
|---|
| Work type: | Bachelor thesis/paper |
|---|
| Typology: | 2.11 - Undergraduate Thesis |
|---|
| Organization: | FKKT - Faculty of Chemistry and Chemical Engineering
|
|---|
| Abstract: | Študij ohranjenih vod je v sodobni farmacevtski kemiji ključnega pomena. Ne samo da ima voda pomembno vlogo v vseh bioloških procesih, temveč molekule vode ključno prispevajo pri interakcijah med proteini. Kristalne strukture kompleksov, pridobljene z visoko ločljivostjo iz različnih vendar homolognih proteinov, so pokazale, da so nekatere vode na medproteinski površini ohranjene med dvema homolognima kompleksoma. Ohranjene vode nastopajo pri tvorjenju vodikovih vezi, imajo strukturno vlogo pri makromolekulah, kjer tvorijo kompleksne mreže molekul, ki stabilizirajo njihovo strukturo. V diplomski nalogi smo s pomočjo računalniškega programa PyMOL identificirali medproteinsko površino sistema programirane celične smrt hPD-1 in njenega liganda hPD-L1 ter sistema beta rastnega faktorja Tgf-β3 in receptorja Tgf-β tipa II. Na tej medproteinski površini smo nato z orodjem ProBis H2O identificirali ohranjene molekule vode. Za vsako molekulo vode smo analizirali njene interakcije z aminokislinskimi ostanki in z ostalo medproteinsko površino. Ugotovili smo, da nekatere od teh ohranjenih molekul vod igrajo pomembno vlogo pri interakcijah med proteini ter so ključnega pomena za nujno komplementarnost. Poleg tega smo izračunali tudi energijo medproteinske interakcije in analizirali, kako vode vplivajo na celotno površino in vezavo med proteinoma. Rezultati analize nam lahko pomagajo pri predvidevanju interakcij med proteini, karakterizaciji vezavnih mest ter optimizaciji in razvoju zdravil |
|---|
| Keywords: | ohranjene vode, medproteinska površina, vodikova vez, hidrofobni učinek, ProBiS H2O |
|---|
| Place of publishing: | Maribor |
|---|
| Place of performance: | Maribor |
|---|
| Publisher: | [I. Masten] |
|---|
| Year of publishing: | 2020 |
|---|
| Number of pages: | X, 40 str. |
|---|
| PID: | 20.500.12556/DKUM-77539 |
|---|
| UDC: | 577.112(043.2) |
|---|
| COBISS.SI-ID: | 33831939 |
|---|
| NUK URN: | URN:SI:UM:DK:49HORUC7 |
|---|
| Publication date in DKUM: | 08.10.2020 |
|---|
| Views: | 895 |
|---|
| Downloads: | 89 |
|---|
| Metadata: |    |
|---|
| Categories: | KTFMB - FKKT
|
|---|
|
:
|
Copy citation |
|---|
| | | | Average score: | (0 votes) |
|---|
| Your score: | Voting is allowed only for logged in users. |
|---|
| Share: |  |
|---|
Hover the mouse pointer over a document title to show the abstract or click
on the title to get all document metadata. |
