| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Izpis gradiva Pomoč

Naslov:Iskanje mesta začetka podvajanja ter vezavnih mest proteina dnaa pri izbranih probiotičnih bakterijah z uporabo algoritmov
Avtorji:ID Anžel, Larisa (Avtor)
ID Mongus, Domen (Mentor) Več o mentorju... Novo okno
ID Fijan, Sabina (Komentor)
Datoteke:.pdf MAG_Anzel_Larisa_2021.pdf (1,10 MB)
MD5: 743A644F6221AEF530D6E1BE58E920A6
PID: 20.500.12556/dkum/cb5b8d66-2b5d-49ec-b540-640e8db89159
 
Jezik:Slovenski jezik
Vrsta gradiva:Magistrsko delo/naloga
Tipologija:2.09 - Magistrsko delo
Organizacija:FZV - Fakulteta za zdravstvene vede
Opis:Uvod: Človeško telo je naseljeno s številnimi bakterijami, arhejami, virusi in enoceličnimi evkariotskimi organizmi, ki na različne načine vplivajo na naše zdravje. Probiotične bakterije so tiste, ki v zadostnih količinah pozitivno vplivajo na zdravje gostitelja. Slednje se morajo razmnoževati, da so pozitivni učinki vidni. Bakterije se razmnožujejo s procesom podvajanja, pri čemer je v začetnih fazah vključeno podvajanje DNK. Metode: S pomočjo grafa odklona števila gvaninov in citozinov (GC), ki ga pridobimo iz DNK zaporedja, smo ocenili položaj mesta začetka podvajanja za vsak izbran bakterijski sev. V okolici mesta začetka podvajanja se nahajajo posebna zaporedja, na katera se vežejo DnaA proteini. Z iskanjem najpogostejših motivov v okolici nukleotida z najnižjo vrednostjo na grafu GC smo pridobili možno sekvenco vezavnih mest DnaA, kar omogoča vpogled v sekvenco, ki igra pomembno vlogo pri podvajanju bakterijske DNK. Rezultati: Konsenzna sekvenca vseh izbranih bakterijskih sevov je 5'-TTATCCACA-3', kar sovpada s podatki iz literature, kjer je sekvenca DnaA škatle opredeljena kot 5’-TT(A/T)TNCACA-3'. Razprava in sklep: Izbrane metode se lahko uporablja za določevanje približnega mesta začetka replikacije, vendar so za dokazovanje le-tega potrebni še dodatni laboratorijski poizkusi.
Ključne besede:probiotične bakterije, mesto začetka replikacije, GC odkon, najpogostejši motivi
Kraj izida:Maribor
Založnik:[L. Anžel]
Leto izida:2021
PID:20.500.12556/DKUM-79942 Novo okno
UDK:613.292:579.24:575.112(043.2)
COBISS.SI-ID:77390595 Novo okno
Datum objave v DKUM:23.09.2021
Število ogledov:998
Število prenosov:80
Metapodatki:XML DC-XML DC-RDF
Področja:FZV
:
Kopiraj citat
  
Skupna ocena:(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
Objavi na:Bookmark and Share



Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Licence

Licenca:CC BY-NC-ND 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 4.0 Mednarodna
Povezava:http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.sl
Opis:Najbolj omejujoča licenca Creative Commons. Uporabniki lahko prenesejo in delijo delo v nekomercialne namene in ga ne smejo uporabiti za nobene druge namene.
Začetek licenciranja:23.08.2021

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Finding the origin of replication and binding sites of dnaa protein in selected probiotic bacteria using algorithms
Opis:Introduction: Human body is inhabited with different bacteria, archaea, viruses and unicellular eukaryotic organisms, all of which have ways of affecting human health. Probiotic bacteria are among those, who, in sufficient quantity, benefit the health of the host organism. For positive effects to be seen, probiotic bacteria must replicate. Bacteria replicate with the process of division, which includes DNA replication in its initial steps. Methods: With the help of GC skew diagram, which can be obtained from DNA sequence, we determined position of origin replication site in every selected bacterial variant. In proximity of replication origin, special sequences for binding of DnaA proteins, are paced. While searching for most frequent motifs in proximity of nucleotide with lowest GC skew value, we obtained possible binding sequences of DnaA proteins, which plays an important role in bacterial DNA replication. Results: Consensus sequence of all chosen bacterial variants is 5'-TTATCCACA-3', which coincides with data from literature, where sequence of DnaA box is defined as 5’-TT(A/T)TNCACA-3'. Discussion and conclusion: Selected methods can be used to determine approximate origin replication site, but to prove site of origin replication, additional laboratory experiments are required.
Ključne besede:probiotic bacteria, replication origin, GC skew, frequent motifs


Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici