| Title: | Optimizacija protokola za pripravo beljakovin iz celičnih frakcij celične linije FaDu za proteomsko analizo na masnem spektrometru : magistrsko delo |
|---|
| Authors: | ID Polak, Jan (Author)
ID Potočnik, Uroš (Mentor) More about this mentor... 
ID Büdefeld, Tomaž (Comentor) |
|---|
| Files: |  MAG_Polak_Jan_2022.pdf (5,01 MB)
MD5: 1C306033A91C063378907613B1BD442A
|
|---|
| Language: | Slovenian |
|---|
| Work type: | Master's thesis/paper |
|---|
| Typology: | 2.09 - Master's Thesis |
|---|
| Organization: | FKKT - Faculty of Chemistry and Chemical Engineering
|
|---|
| Abstract: | Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, med katere uvrščamo rake ustne in nosne votline, grla in žrela. Kljub napredku pri razumevanju genetskih dejavnikov, dejavnikov okolja, molekularnih in celičnih mehanizmov, ki sodelujejo pri nastanku raka glave in vratu, so rezultati trenutno odobrenih načinov zdravljenja, po stopnji ponovitve bolezni in umrljivosti, zelo zaskrbljujoči. Po številu novih primerov in po številu smrti na letni ravni se rak glave in vratu uvršča na šesto mesto najpogostejših rakov na svetu. Iz tega razloga sta nadaljnja molekularna karakterizacija kancerogeneze in novih molekulskih terapevtskih tarč ključnega pomena. Cilj magistrske naloge je bil določiti proteom posameznih celičnih frakcij ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. Optimizirali smo postopek celične frakcionacije celične linije FaDu na osnovi različno močnih surfaktantov in diferencialnega centrifugiranja, s katerim smo celične beljakovine ločili na citosolne, jedrne in frakcijo, ki je vsebovala beljakovine membranskih organelov vključno s proteini celične membrane. Učinkovitost subcelične frakcionacije smo preverili z metodo western blot z uporabo ustreznih proteinskih označevalcev. Proteomsko analizo posameznih frakcij smo opravili z masno spektrometrijo visoke ločljivosti in načinom za neodvisno pridobivanje spektralnih podatkov. Identificirali smo 5273 beljakovin v treh celičnih frakcijah, od tega smo 2730 beljakovinam določili ustrezno celično lokacijo z nenadzorovanim strojnim učenjem s programom MetaMass.
V nalogi smo kot prvi na celičnem modelu celične linije FaDu določili proteom jedrne in citosolne frakcije ter frakcije membranskih organelov ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. V nadaljevanju bo potrebno klinično in terapevtsko uporabnost okarakteriziranih beljakovin še potrditi. |
|---|
| Keywords: | rak glave in vratu, subcelična frakcionacija, masna spektrometrija, FaDu celice, terapevtska tarča, nHPLC-HRMS |
|---|
| Place of publishing: | Maribor |
|---|
| Place of performance: | Maribor |
|---|
| Publisher: | [J. Polak] |
|---|
| Year of publishing: | 2022 |
|---|
| Number of pages: | 1 spletni vir (1 datoteka PDF (XI, 91 f.)) |
|---|
| PID: | 20.500.12556/DKUM-83069 |
|---|
| UDC: | [577:576.3]:543.51(043.2) |
|---|
| COBISS.SI-ID: | 132674819 |
|---|
| Publication date in DKUM: | 06.10.2022 |
|---|
| Views: | 674 |
|---|
| Downloads: | 60 |
|---|
| Metadata: |    |
|---|
| Categories: | KTFMB - FKKT
|
|---|
|
:
|
Copy citation |
|---|
| | | | Average score: | (0 votes) |
|---|
| Your score: | Voting is allowed only for logged in users. |
|---|
| Share: |  |
|---|
Hover the mouse pointer over a document title to show the abstract or click
on the title to get all document metadata. |
