| Title: | OPTIMIZACIJA IN ZANESLJIVOST METODE ANALIZE TALILNE KRIVULJE VISOKE LOČLJIVOSTI ZA GENSKO TIPIZACIJO IZBRANIH DNA POLIMORFIZMOV POVEZANIH S KRONIČNIMI IMUNSKIMI BOLEZNIMI |
|---|
| Authors: | ID Savić, Tjaša (Author)
ID Potočnik, Uroš (Mentor) More about this mentor...  |
|---|
| Files: |  UNI_Savic_Tjasa_2012.pdf (2,39 MB)
MD5: 301736FF37A9F73F9E29C39CF50CE2E3
PID: 20.500.12556/dkum/fc4c40a1-0c39-4e80-a8cd-c21e709d3563
|
|---|
| Language: | Slovenian |
|---|
| Work type: | Bachelor thesis/paper |
|---|
| Typology: | 2.11 - Undergraduate Thesis |
|---|
| Organization: | FKKT - Faculty of Chemistry and Chemical Engineering
|
|---|
| Abstract: | Analiza talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM) je postala široko uporabljana metoda za genotipizacijo enonukleotidnih polimorfizmov (SNP), ki že zamenjuje verižno reakcijo s polimerazo v povezavi s polimorfizmom dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR-RFLP).
Namen tega diplomskega dela je bil optimizirati ter potrditi zanesljivost HRM za genotipizacijo treh izbranih SNPov, povezanih s kroničnima imunskima boleznima revmatoidnim artritisom in astmo. Študija opisuje teoretske osnove preiskovane problematike, uporabljene postopke laboratorijskega dela ter prikazuje analizo rezultatov.
Genotipizacija je bila izvedena z referenčno metodo PCR-RFLP in HRM analizo, rezultati po obeh metodah so bili med sabo primerjani. Študija je skupno vključevala 463 DNA vzorcev slovenskih bolnikov oz. zdravih posameznikov (kontrole).
Rezultati kažejo, da je bilo pri vseh treh SNPih doseženo visoko ujemanje med metodama (91%-98%). Izračunane frekvence dobljenih genotipov kažejo, da je bilo boljše ujemanje z referenčnimi frekvencami z NCBI pri dveh SNPih doseženo po HRM, kar potrjuje visoko zanesljivost te metode.
Pri tem delu se je pojavilo nekaj težav pri optimizaciji PCR in pravilnem določanju genotipov po RFLP, kar še poudarja prednosti analize talilnih krivulj. HRM je zahtevala manj časa za optimizacijo, izvedbo in pridobivanje rezultatov, tako da je bila enostavnejša, posledično cenejša in v določenih primerih še bolj zanesljiva kot tradicionalna PCR-RFLP. |
|---|
| Keywords: | enonukleotidni polimorfizmi (SNP), genotipizacija, metoda analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM), verižna reakcija s polimerazo (PCR), polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov (RFLP), kronične imunske bolezni |
|---|
| Place of publishing: | Maribor |
|---|
| Publisher: | [T. Savić] |
|---|
| Year of publishing: | 2012 |
|---|
| PID: | 20.500.12556/DKUM-38081 |
|---|
| UDC: | 616.1(043.2) |
|---|
| COBISS.SI-ID: | 16644118 |
|---|
| NUK URN: | URN:SI:UM:DK:N5EOCK15 |
|---|
| Publication date in DKUM: | 19.09.2012 |
|---|
| Views: | 3931 |
|---|
| Downloads: | 467 |
|---|
| Metadata: |    |
|---|
| Categories: | KTFMB - FKKT
|
|---|
|
:
|
Copy citation |
|---|
| | | | Average score: | (0 votes) |
|---|
| Your score: | Voting is allowed only for logged in users. |
|---|
| Share: |  |
|---|
Hover the mouse pointer over a document title to show the abstract or click
on the title to get all document metadata. |
