| Title: | Molekulska dinamika vezave cianidina na SIRT6: pomembnost za človeško zdravje : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje |
|---|
| Authors: | ID Dimnik, Gašper (Author)
ID Bren, Urban (Mentor) More about this mentor... 
ID Lešnik, Samo (Comentor) |
|---|
| Files: |  UN_Dimnik_Gasper_2025.pdf (3,80 MB)
MD5: 2ED6B5B0EC46FA0A597C441D8CE16A28
|
|---|
| Language: | Slovenian |
|---|
| Work type: | Bachelor thesis/paper |
|---|
| Typology: | 2.11 - Undergraduate Thesis |
|---|
| Organization: | FKKT - Faculty of Chemistry and Chemical Engineering
|
|---|
| Abstract: | Z namenom, ne le podaljšati življensko dobo, temveč tudi ohraniti daljše obdobje zdravja človeka, je vedno več raziskav usmerjenih v razvoj naravnih modulatorjev encimske aktivnosti človeškega sirtuina 6 (SIRT6). Ta namreč sodeluje pri več celičnih procesih, povezanih s staranjem, ki bi jih lahko regulirali s pomočjo naravnih modulatorjev, flavonoidov. Med slednje spadata cianidin ter njegov glukozid cianidin-3-O-glukozid (Cy3G). S pomočjo računalniških orodij smo simulirali molekulske dinamike (MD) vezave teh ligandov na kompleks SIRT6 in adenozin difosfat(ADP)-riboze. Z analizo vrednosti RMSD ter časovnega deleža vodikovih vezi simulacije MD smo preučili stabilnost obeh ligandov v kompleksih ter določili stabilnejšega izmed obeh. Izkazalo se je, da se oba liganda stabilizirata v proteinskih kompleksih po 50 ns simulacije MD, a je ta stabilizacija pri cianidinu močnejša. Analiza vrednosti RMSD za izključno liganda je prav tako pokazala, da je cianidin stabilnejši izmed obeh. Dokončno potrditev tega smo dokazali z analizo vodikovih vezi med ligandoma ter SIRT6. Ugotovili smo, da se pri Cy3G karakteristične vodikove vezi vzpostavijo po 20 ns simulacije MD oziroma po zvišanju vrednosti RMSD. To poveča razliko med eksperimentalno določeno prvotno strukturo ter končno strukturo proteinskega kompleksa SIRT6–Cy3G. To dokazuje, da je cianidin boljša izbira za razvoj selektivnih in učinkovitih modulatorjev SIRT6, a je zaradi razlik v farmakokinetiki smotrno preučiti oba liganda. Te ugotovitve bi lahko vodile v raziskovanje in razvoj terapevtskih učinkovin za zdravljenje bolezni staranja, kot je na primer rak. |
|---|
| Keywords: | bolezni staranja, SIRT6, molekulska dinamika, naravni modulatorji encimov, cianidin, cianidin-3-O-glukozid |
|---|
| Place of publishing: | Maribor |
|---|
| Place of performance: | Maribor |
|---|
| Publisher: | [G. Dimnik] |
|---|
| Year of publishing: | 2025 |
|---|
| Number of pages: | 1 spletni vir (1 datoteka PDF (X, 32 f.)) |
|---|
| PID: | 20.500.12556/DKUM-94603 |
|---|
| UDC: | 577.151(043.2) |
|---|
| COBISS.SI-ID: | 250796291 |
|---|
| Publication date in DKUM: | 18.09.2025 |
|---|
| Views: | 173 |
|---|
| Downloads: | 57 |
|---|
| Metadata: |    |
|---|
| Categories: | KTFMB - FKKT
|
|---|
|
:
|
Copy citation |
|---|
| | | | Average score: | (0 votes) |
|---|
| Your score: | Voting is allowed only for logged in users. |
|---|
| Share: |  |
|---|
Hover the mouse pointer over a document title to show the abstract or click
on the title to get all document metadata. |
