Statistika DKUM

Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (5)

1. Staša Jurgec: Molekularni in celični odziv na oksidativni stres, hipoksijo in naravne antioksidante, pridobljene s konvencionalno in superkritično ekstrakcijo, pri akutni in kronični mieloični levkemiji in vitro
2. Maruška Čuš: Povezava genov odgovornih za delovanje hormonov in hormonskih receptorjev, z odzivom na hormonsko uravnavanje folikulogeneze
3. Maja Skerbinjek-Kavalar: FARMAKOGENOMIKA IN VREDNOTENJE INTERMITENTNEGA ZDRAVLJENJA Z ANTAGONISTI LEVKOTRIENOV PRI OTROCIH S PERSISTENTNO ASTMO
4. Mitja Mitrovič: Asociacijska analiza na celotnem genomu pri slovenskih bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo
5. Vojko Berce: Identifikacija nekaterih kandidatnih genov za astmo ter povezava teh genov s fenotipom astme in odgovorom na terapijo pri otrocih z astmo : doktorska disertacija

Magistrska dela (20)

1. Tinkara Kovačič: Vpliv zunajceličnega matriksa na preživetje in invazijo sferoidov glioblastomskih celic tretiranih s temozolomidom
2. Eva Zajšek: Proteomska analiza krvne plazme in ekstracelularnih veziklov iz krvne plazme z masno spektrometrijo
3. Špela Fabčič: Diferencialno izražanje genov in učinek filtriranja nizko izraženih genov pri analizi RNA sekvenciranja
4. Tino Kovačič: Genska ontologija farmakogenomike bioloških zdravil pri imunsko pogojenih boleznih
5. Doroteja Golob: Optimizacija metode obogatitve fosforiliranih peptidov za analizo z masno spektrometrijo
6. Matic Košir: Phenotyping of mammalian CHO cell line in fed-batch bioprocess by intensified and classical procedure
7. Dea Simonič: Proteomska analiza mononuklearnih celic periferne krvi pri raku dojk
8. Adriana Kralj: Vpliv izražanja mmd na odzivnost monocitov in makrofagov na adalimumab in vitro
9. Jan Polak: Optimizacija protokola za pripravo beljakovin iz celičnih frakcij celične linije FaDu za proteomsko analizo na masnem spektrometru
10. Nastja Šadl: Izražanja skupine genov DNA-metiltransferaz (DNMT1, DNMT3A in DNMT3B), DNA-demetilaz (TET1, TET2, TET3 in TDG) ter gena RNA-metiltransferaza TRDMT1 v tumorjih bolnic z rakom dojk
11. Anja Konajzler: Validacija klinično pomembnih transkripcijskih biooznačevalcev v krvnih vzorcih pred in po zdravljenju trojno negativnega raka dojke
12. Davor Babič: Vpliv retinojske kisline atra na izražanje gena HER3 pri celični liniji raka glave in vratu FaDu
13. Suzana Stokić: Analiza bioloških poti povezanih z odgovorom na biološko terapijo pri bolnikih z multiplo sklerozo z uporabo orodij genske ontologije
14. Staša Hamzić Gregorčič: ANALIZA METILACIJE TUMOR SUPRESORSKIH GENOV PRI RAKU GLAVE IN VRATU
15. Urška Gabor: Povezava polimorfizmov in izražanja izbranih genov z odzivom na zdravljenje bolnikov s Crohnovo boleznijo z adalimumabom
16. Kristjan Gabor: PRIMERJAVA RAZLIČNIH PRISTOPOV ZA IZRAČUN TVEGANJA ZA KRONIČNO VNETNO ČREVESNO BOLEZEN NA OSNOVI ANALIZE PROFILOV GENETSKIH POLIMORFIZMOV
17. Tadej Zorjan: POLIMORFIZMI IZBRANIH KANDIDATNIH GENOV ZA OTROŠKO ASTMO: META-ANALIZA GENETSKIH ASOCIACIJSKIH ŠTUDIJ
18. Igor Sovec: Primerjava med porazdelitvijo izbranih genetskih profilov pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo in pri kontrolni skupini zdravih posameznikov
19. Andrej Sovec: Asociacijska analiza nekaterih genov vključenih v regulacijo aktivacije T celic pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo
20. Mario Gorenjak: Genetska analiza kandidatnega področja na kromosomu 10 pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo

Diplomska dela (40)

1. Karin Rajh: Izražanje izoform gena DDB2 v mononuklearnih celicah periferne krvi pri različnih podtipih raka dojke
2. Patricija Počivavšek: Optimizacija in vitro stimulacije limfocitov s fitohemaglutininom (PHA) in lipopolisaharidi (LPS)
3. Eva Zajšek: Optimizacija priprave proteinov krvne plazme z razgradnjo na peptide v raztopini za proteomsko analizo z masno spektrometrijo
4. Katja Zorko: Uporaba selektivnih membran za pripravo proteinskih vzorcev krvne plazme za določanje citokinov z masno spektrometrijo
5. Doroteja Golob: Celični odziv na oksidativni stres, povzročen z vodikovim peroksidom, pri celičnih linijah akutne limfoblastne levkemije in limfoblastnega limfoma celic T
6. Karmen Zorič: Izražanje genov za DNA in RNA metilaze in demetilaze pri bolnikih z rakom glave in vratu
7. Anja Vrbek: Izražanje izooblik mRNA za receptor ERBB3 in sekretorno beljakovino p22-sERBB3 pri bolnikih z rakom glave in vratu
8. Dea Simonič: Subcelična frakcionacija humanih mononuklearnih celic periferne krvi in izolacija proteinov iz različnih celičnih kompartmentov
9. Lara Metlika: Biooznačevalci za napoved odziva na vedolizumab pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo
10. Adriana Kralj: Citotoksičnost in učinkovitost C87- inhibitorja tumorje - nekrotizirajočega faktorja alfa na humanih celičnih linijah
11. Monika Ostroško: Povezava epigenetskih in ekspresijskih markerjev pri raku glave in vratu
12. Davor Babič: Izražanje dolge nekodirajoče RNA CCAT1 pri bolnikih z rakom glave in vratu
13. Amadeja Jeraj: Skupne genske značilnosti bolnikov z astmo in atopijskim dermatitisom
14. Martina Krušič: Vloga genov iz družine dejavnika tumorske nekroze pri nastanku in poteku multiple skleroze
15. Petra Berlak: Vloga polimorfizmov v genih matriksnih metaloproteinaz pri raku dojk
16. Danijela Cole: Genetska in farmakogenetska analiza genov iz družine dejavnika tumorske nekroze pri revmatoidnem artritisu
17. Janina Gea Cvikl: Optimizacija izolacije DNK iz tkivnih vzorcev ter analiza somatskih mutacij pri bolnicah z rakom dojk
18. Alja Čeh: VLOGA DNA POLIMORFIZMA POSAMEZNEGA NUKLEOTIDA rs2476601 IN IZRAŽANJE GENA PTPN22 PRI NASTANKU, POTEKU IN ZDRAVLJENJU OTROŠKE ASTME
19. Natalija Kremzer: GENOTIPIZACIJA POLIMORFIZMOV V KANDIDATNIH GENIH PRI SLOVENSKIH BOLNIKIH Z MULTIPLO SKLEROZO
20. Gregor Jezernik: PRIMERJAVA VPLIVA DNA POLIMORFIZMOV V GENIH ZA METABOLIZEM LIPIDOV NA PROFILE MAŠČOBNIH KISLIN MED BOLNIKI Z RAZLIČNIMI KOMPLEKSNIMI BOLEZNIMI
21. Tjan Smrečnik: VLOGA GENOV GLCCI1 IN SFXN1 PRI ZDRAVLJENJU OTROŠKE ASTME Z GLUKOKORTIKOIDI
22. Alja Gabor: GENETSKI DEJAVNIKI TVEGANJA ZA PONOVITEV PRIMARNEGA ČREVESNEGA RAKA
23. Evelina Friedl: ASOCIACIJSKA ANALIZA ZA POTRDITEV KANDIDATNIH DNA POLIMORFIZMOV NA KROMOSOMU 2 IN 22 PREDHODNO POVEZANIH S SLOVENSKIMI BOLNIKI S CROHNOVO BOLEZNIJO Z UPORABO MIKROMREŽE ICHIP
24. Veronika Vrabič: RAZŠIRJENOST Kidd ANTIGENA MED KRVODAJALCI V SEVEROVZHODNI SLOVENIJI
25. Neja Hrovat: PRIMERJAVA RAZLIČNIH MOLEKULARNIH METOD ZA DIAGNOSTIKO CELIAKIJE
26. Eva Brglez Mojzer: POMEN GENOV IL10 IN TNFα PRI ZDRAVLJENJU OTROŠKE ASTME Z GLUKOKORTIKOIDI
27. Urška Gabor: ASOCIACIJSKA ANALIZA ZA POTRDITEV KANDIDATNIH DNA POLIMORFIZMOV NA KROMOSOMU 13 PREDHODNO POVEZANIH S SLOVENSKIMI BOLNIKI S CROHNOVO BOLEZNIJO Z UPORABO MIKROMREŽE (BIOČIPA)
28. Tjaša Savić: OPTIMIZACIJA IN ZANESLJIVOST METODE ANALIZE TALILNE KRIVULJE VISOKE LOČLJIVOSTI ZA GENSKO TIPIZACIJO IZBRANIH DNA POLIMORFIZMOV POVEZANIH S KRONIČNIMI IMUNSKIMI BOLEZNIMI
29. Deja Kokot: PURIFICATION AND BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION OF BACTERIAL GLYCOSYLTRANSFERASE
30. Ivan Krmpotić: PRIMERJAVA HITREGA IMUNOKEMIJSKEGA TESTA Z ELISA TESTOM ZA DOLOČITEV KALPROTEKTINA V BLATU
31. Marjeta Simončič: PRIPRAVA BIOLOŠKO AKTIVNEGA KONJUGATA DEJAVNIKA TUMORSKE NEKROZE ALFA
32. Maruška Medved: POVEZAVA POLIMORFIZMA - 13910 C>T IN EKSPRESIJE GENA LCT S SIMPTOMI ZNAČILNIMI ZA LAKTOZNO NETOLERANCO TER S TVEGANJEM ZA KRONIČNO VNETNO ČREVESNO BOLEZEN
33. Staša Jurgec: ANALIZA POLIMORFIZMOV V IZBRANIH GENIH PRI BOLNICAH Z MIOMI MATERNICE
34. Elena Gjorgievska: ANALIZA EKSPRESIJE IZBRANIH KANDIDATNIH GENOV POVEZANIH Z RAKOM ŠIROKEGA ČREVESA IN DANKE PRI BOLNIKIH S KRONIČNO VNETNO ČREVESNO BOLEZNIJO IN PRI BOLNIKIH S ČREVESNIMI POLIPI
35. Katja Heržič: ČIŠČENJE IN KARAKTERIZACIJA ENCIMA TREHALOZE FOSFORILAZE IZ GLIVE SCHIZOPHYLLUM COMMUNE
36. Petra Perin: ANALIZA POLIMORFIZMOV IZBRANIH GENOV PRI OTROCIH Z ASTMO TER POVEZAVA TEH POLIMORFIZMOV S FENOTIPOM ASTME IN ODZIVOM NA TERAPIJO
37. Maja Sušec: POLIMORFIZMI V IZBRANIH APOPTOZNIH GENIH KOT NAPOVEDNI DEJAVNIK ZA ODZIV NA ADALIMUMAB PRI BOLNIKIH S CROHNOVO BOLEZNIJO
38. Irena Kemperle: VPLIV RAZNOLIKOSTI TKIVNIH ANTIGENOV HLA-C NA IZBIRO NESORODNEGA DAROVALCA PRI PRESADITVI KRVOTVORNIH MATIČNIH CELIC
39. Katja Repnik: Izdelava strategije izolacije in renaturacije podaljšane oblike rekombinantnega humanega limfotoksina alfa (LT-alfa) : diplomska naloga univerzitetnega študijskega programa
40. Franja Šulek: Expression optimization in Escherichia coli of wild type Cholesterol oxidase from Brevibacterium sterolicum and of its Arg477 mutants : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa

Druga dela (40)

1. Boris Gole, Larisa Goričan, Gregor Jezernik, Mario Gorenjak, Anja Bizjak, Vojko Berce, Maja Skerbinjek-Kavalar, Michael Kabesch, Erik Melén, Kornel Golebski, Cornelius M. van Drunen, Anke-Hilse Maitland-van der Zee, Susanne Reinartz, Susanne J Vijverberg, Uroš Potočnik: A functional cell model using basophil activation test to study molecular mechanisms and biomarkers of response to omalizumab treatment in patients with asthma
2. Anja Bizjak, Uroš Potočnik, Helena Sabina Čelešnik: Cannabinoids in combination with conventional breast cancer therapies
3. Djordje Radulović, Jurij Dolenšek, Andraž Stožer, Uroš Potočnik: Western diet induces changes in gene expression in multiple tissues during early insulin resistance and glucose intolerance in male C57BL/6 mice
4. Anja Bizjak, Boris Gole, Gregor Jezernik, Uroš Potočnik, Mario Gorenjak: Toward precision medicine
5. Kristijan Skok, Lidija Gradišnik, Helena Sabina Čelešnik, Marko Milojević, Uroš Potočnik, Gregor Jezernik, Mario Gorenjak, Monika Sobočan, Iztok Takač, Rajko Kavalar, Uroš Maver: MFUM-BrTNBC-1, a newly established patient-derived triple-negative breast cancer cell line
6. Mario Gorenjak, Boris Gole, Larisa Goričan, Gregor Jezernik, Uršula Prosenc Zmrzljak, Cvetka Pernat Drobež, Pavel Skok, Uroš Potočnik: Single-cell transcriptomic and targeted genomic profiling adjusted for inflammation and therapy bias reveal CRTAM and PLCB1 as novel hub genes for anti-tumor necrosis factor alpha therapy response in Crohn’s disease
7. Gregor Jezernik, Damjan Glavač, Pavel Skok, Martina Krušič, Uroš Potočnik, Mario Gorenjak: Discovery of novel biomarkers with extended non-coding RNA interactor networks from genetic and protein biomarkers
8. Staša Jurgec, Gregor Jezernik, Mario Gorenjak, Tomaž Büdefeld, Uroš Potočnik: Meta-analytic comparison of global RNA transcriptomes of acute and chronic myeloid leukemia cells reveals novel gene candidates governing myeloid malignancies
9. Mario Gorenjak, Gregor Jezernik, Martina Krušič, Pavel Skok, Uroš Potočnik: Identification of novel loci involved in adalimumab response in Crohn’s disease patients using integration of genome profiling and isoform-level immune-cell deconvoluted transcriptome profiling of colon tissue
10. Helena Sabina Čelešnik, Mario Gorenjak, Martina Krušič, Bojana Crnobrnja, Monika Sobočan, Iztok Takač, Darja Arko, Uroš Potočnik: Isoform-level transcriptome analysis of peripheral blood mononuclear cells from breast cancer patients identifies a disease-associated RASGEF1A isoform
11. Kornel Golebski, Uroš Potočnik: Expert meeting report
12. Helena Sabina Čelešnik, Uroš Potočnik: Blood-based mRNA tests as emerging diagnostic tools for personalised medicine in breast cancer
13. Martina Krušič, Gregor Jezernik, Uroš Potočnik: Gene ontology analysis highlights biological processes influencing responsiveness to biological therapy in psoriasis
14. Jelle M. Blankestijn, Alejandro Lopez-Rincon, Anne H. Neerincx, Susanne J Vijverberg, Simone Hashimoto, Mario Gorenjak, Olaia Sardon-Prado, Paula Corcuera-Elosegui, Javier Korta-Murua, Maria Pino-Yanes, Uroš Potočnik: Classifying asthma control using salivary and fecal bacterial microbiome in children with moderate-to-severe asthma
15. Helena Sabina Čelešnik, Uroš Potočnik: Peripheral blood transcriptome in breast cancer patients as a source of less invasive immune biomarkers for personalized medicine, and implications for triple negative breast cancer
16. Amir Hossein Alizadeh Bahmani, Elise M. A. Slob, Lizan D. Bloemsma, Susanne Brandstetter, Paula Corcuerea, Mario Gorenjak, Susanne Harner, Simone Hashimoto, Anna M. Hedman, Michael Kabesch, Uroš Potočnik: Medication use in uncontrolled pediatric asthma
17. Monika Avbelj, Iva Hafner Bratkovič, Duško Lainšček, Mateja Manček Keber, Tina Tinkara Peternelj, Gabriela Panter, Steven P. Treon, Boris Gole, Uroš Potočnik, Roman Jerala: Cleavage-mediated regulation of Myd88 signaling by inflammasome-activated caspase-1
18. Mahmoud I. Abdel-Aziz, Mario Gorenjak, Uroš Potočnik: A system pharmacology multi-omics approach toward uncontrolled pediatric asthma
19. Katja Repnik, Helena Sabina Čelešnik, Staša Jurgec, Uroš Potočnik: Biochemistry and molecular biology
20. Mitja Mitrovič, Uroš Potočnik: High resolution melting curve analysis for high-throughput SNP genotyping in IL23R gene and association of IL23R with Slovenian inflammatory bowel diseases patients
21. Barbara Krajnc, Rok Končnik: Genetski in ekspresijski profil za napoved tveganja za pojav multiplih miomov maternice
22. Geneviève Almouzni, Neža Grgurevič, Gregor Majdič, Uroš Potočnik, Janez Ilaš: Relationship between genome and epigenome - challenges and requirements for future research
23. Matej Horvat, Uroš Potočnik, Katja Repnik, Rajko Kavalar, Borut Štabuc: Single nucleotide polymorphisms as prognostic and predictive factors of adjuvant chemotherapy in colorectal cancer of stages I and II
24. Mitja Mitrovič, Uroš Potočnik: High-resolution melting curve analysis for high-throughput genotyping of NOD2/CARD15 mutations and distribution of these mutations in Slovenian inflammatory bowel diseases patients
25. Matej Horvat, Uroš Potočnik, Katja Repnik, Rajko Kavalar, Vesna Zadnik, Stojan Potrč, Borut Štabuc: Single nucleotide polymorphisms in genes MACC1, RAD18, MMP7 and SDF-1[alpha] as prognostic factors in resectable colorectal cancer
26. Jovan Krsteski, Staša Jurgec, Maja Pakiž, Igor But, Uroš Potočnik: Polymorphism of the IL13 gene may be associated with uterine leiomyomas in Slovenian women
27. Janez Šimenc, Andrej Golle, Uroš Potočnik: Molecular identification of several clinically important bacteria including enterobacteria by partial 16S ribosomal RNA gene sequence comparison
28. Vojko Berce, Uroš Potočnik, Katja Repnik: Povezava nekaterih polimorfizmov v genih za IL4, NOD2 in CCR5 z astmo pri otrocih
29. Jimmy Z Liu, Mitja Mitrovič: Dense genotyping of immune-related disease regions identifies nine new risk loci for primary sclerosing cholangitis
30. Karin Fransen, Mitja Mitrovič, Uroš Potočnik: Limited evidence for parent-of-origin effects in inflammatory bowel disease associated loci
31. Genetika in zdravljenje Chronove bolezni
32. Uroš Potočnik: Center za humano molekularno genetiko in farmakogenomiko
33. Katja Repnik, Uroš Potočnik: Molekularna biologija in molekularna genetika : navodila za laboratorijske vaje
34. Katja Repnik, Uroš Potočnik: Genomika v biomedicinski tehnologiji : navodila za laboratorijske vaje
35. Katja Repnik, Uroš Potočnik: Bioinformatika in genomika : navodila za računalniške vaje z nalogami
36. Katja Repnik, Uroš Potočnik: Biokemija in molekularna biologija : navodila za laboratorijske vaje
37. Zdenka Cencič-Kodba, Darinka Brodnjak-Vončina, Marjana Novič, Uroš Potočnik: Multivariate data analysis of erythrocyte membrane phospholipid fatty acid profiles in the discrimination between normal blood tissue and various disease states
38. Sergeja Hadner Hvala: Genetska napoved prihodnosti : genetika
39. Vojko Berce, Uroš Potočnik: Farmakogenomika v zdravljenju astme
40. Uroš Potočnik, Damjan Glavač, Michael Dean: Common germline MDR1/ABCB1 functional polymorphisms and haplotypes modify susceptibility to colorectal cancers with high microsatellite instability